rにクラスタメンバーをプロット

Question

R. でDTWパッケージを使用し、最終的に階層的クラスタリングを終了しました。 しかし、私は時系列のクラスタを以下のように別々にプロットしたいと思う。

sc <- read.table("D:/handling data/confirm.csv", header=T, sep=",") 
rownames(sc) <- sc$STDR_YM_CD 
sc$STDR_YM_CD <- NULL 
col_n <- colnames(sc) 

hc <- hclust(dist(sc), method="average") 
plot(hc, main="") 

私はそれをどのように行うことができます？ http://blogattach.naver.com/e772fb415a6c6ddafd1370417f96e494346a9725/20170207_141_blogfile/khm2963_1486442387926_THgZRt_csv/confirm.csv?type=attachment

Answer 1

あなたはこれを試すことができます。

sc <- read.table("confirm.csv", header=T, sep=",") 
rownames(sc) <- sc$STDR_YM_CD 
sc$STDR_YM_CD <- NULL 
col_n <- colnames(sc) 

sc <- t(sc) # make sure your rows represent the time series data 
id <- rownames(sc) 
head(sc) 

hc <- hclust(dist(sc), method="average") 
plot(hc, main="") 

n <- 20 
sc <- cbind.data.frame(id=id, sc, cluster=cutree(hc, k = n)) 

library(dplyr) 
library(tidyr) 
library(ggplot2) 
sc %>% gather(variable, value, -id, -cluster) %>% 
ggplot(aes(variable, value, group=id, color=id)) + geom_line() + 
    facet_wrap(~cluster, scales = 'free') + guides(color=FALSE) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle=90, vjust = 0.5)) 

Answer 2

での私のデータは、あなたがデータポイントをクラスタ化し、それらをプロットするためにクラスタ上（ggplot2パッケージから）facet_wrapを使用するcutreeを使用することができます。私はあなたのデータを得ることができなかったので、私は公に利用可能なデータの例を持っています。

narrest <- USArrests 

# Clustering 
hc <- hclust(dist(narrest), "ave") 
plot(hc) 

# Cut the tree to required number of clusters, here 3 
narrest$clusters <- cutree(hc, k = 3) 

# use facet_wrap from ggplot to one variable Murder 
d <- ggplot(narrest, aes(y=Murder, x=1:nrow(narrest))) + geom_line() 
d + facet_wrap(~ clusters) 
print(d)