teeを使って行内の変数にstdoutをロードする

Question

gzipファイルの行数を変数に入れようとしていますが、後でこのstdoutをteeを使って別のプロセスに使う予定です。なぜwc -lの値が変数に入れられないのでしょうか？これをどのように修正できますか？

[]$ gzip -dc BC102.fastq.gz | wc -l 
4255588 
[]$ gzip -dc BC102.fastq.gz | echo $(wc -l) 
4255588 
[]$ gzip -dc BC102.fastq.gz | reads=$(wc -l); echo $reads 
0 

行全体が最終的に

gzip -dc BC102.fastq.gz | tee >(reads=$(wc -l)) | cutadapt -ga... 

のように見えることになっている私は、私はすでにwcの値をエコーためにそこに記載されている答えを適用したので、これはHow to set a variable to the output from a command in Bash?から重複しているかが表示されません-lは直接入力しますが、変数には挿入されません。

Answer 1

teeは、引数として与えられたすべてのファイルにstdout plusを書き込みます。それはあなたが付けることができる2つの異なるパイプに書き込みません。

はこれを試してみてください：readsは、行数が含まれていながら、

t=$(tempfile) 
reads=$(gzip -dc BC102.fastq.gz | tee $t | wc -l) 

今すぐあなたのスクリプトで

cutadapt -ga $t 

を続けることができます。

Answer 2

サブシェルに変数を設定すると、その変数は親には影響しません。それはあなたがサブシェルでパイプを続けてから

gzip -dc BC102.fastq.gz | tee >(reads=$(wc -l)) | cutadapt -ga... 

と何が起こるかであるが、何も明らか停止：出力が*倍*を使用しなければならないので、

reads=$(wc -l <(gzip -dc BC102.fastq.gz | tee >(cutadapt -ga...)))