正規表現 - その試合

Question

含めて、私は例えば、ファイル拡張子および接尾辞の両方を削除し、ファイル名を捕獲しようとしてる試合まで抽出していない：

TEST_EXAMPLE_SUFFIX.file 
Output = TEST_EXAMPLE 

私はマッチングに基づいてこれをやりたいです_SUFFIX部分を削除し、それ以前のすべての文字を抽出します（_SUFFIXを除く）。

for t in $(ls *.fastq | sed -e /.+?(?=$READ1_EXT)/) 

私はエラーを取得する：

command substitution: line 14: syntax error near unexpected token `(' 

は、私が何をした、一緒forループの一部として、配管はしかし

FILE_EXT=_SUFFIX 
/.+?(?=$FILE_EXT)/ 

：通常、私のようなものを使用します違う？

Answer 1

がls出力を解析しないでください、あなたは

for t in *_SUFFIX.fastq 
do 
    echo "${t%_SUFFIX.fastq}" #stips _SUFFIX.fastq part 
done 

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参照

• 参照シェル[ param expansion ]を必要とするものを達成 へのbashパラメータ展開を使用することができます。
• オン理由[ not to parse ls output ]。

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編集：作業の周りに繰り返し出現するため

、あなたはこのような何かを行うことができます：

はあなたが興味の二つのファイルTest_R1.file & Test_R2.fileを持っていて、Testを期待していることを考えてみましょう結果に1回しか表示されないようにする

declare -A arry # declaring an associative array 
for t in Test_R*.file 
do 
    arry["${t%_R*.file}"]=1 
    # stips _R(number).file part and makes it a key to arry 
    # Remember arry keys are unique. 
    # The assignment ie '=1' is not relevant here, you can assign any value 
done 
# We are all set to print the unique filenames 
echo "${!arry[@]}" 
# "${!arry[@]}" expands to the list of array indices (keys) for arry 

Answer 2

あなたは、ファイル名の永続的な形式を想定し、これだけ使ってbashパラメータ展開を行うことができます。

for file in *_SUFFIX.fastq; do echo "${file%_*}"; done 

for構造の反復.fastq以上のファイルを。

例：

$ file=TEST_EXAMPLE_SUFFIX.fastq 

$ echo "${file%_*}" 
TEST_EXAMPLE