複数の入力ファイルを変更する

Question

フォルダ内のすべてのファイルについて、miraligner私の例のように列を結合したいと思います。私は、出力にカラム2として"freq"を追加するだけでなく、カラムc（ "mir"、 "seq"、 "mism"、 "add"、 "t5"、 "t3"）を組み合わせたいと思います。私はわからない は、どのように複数の入力ファイル、私はすべてのファイルを結合したい場合はCBINDを使用して列方向何

> setwd("~/miraligner/") 
> file_list <- list.files(pattern = "*.mirna") 
> head(file_list) 

[1] "1_JH_F12_S41.mirna" "107_MAE_E7_S11.mirna" "108_IME_A8_S23.mirna" "109_GW_B11_S27.mirna" "111_PH_H1_S77.mirna" 
[6] "116_TH_E6_S10.mirna" 

> head(1_JH_F12_S41.mirna) 
         seq   name freq    mir start end mism add t5 t3  s5  s3 DB 
1 TGGAGTGTGATAATGGTGTTT seq_100003_x4 4 hsa-miR-122-5p 15 35 11TC  0 0 g GCTGTGGA TTTGTGTC miRNA 
2 TGTAAACATCCCCGACCGGAAGCT seq_100045_x4 4 hsa-miR-30d-5p  6 29 17CT  0 0 CT TTGTTGTA GAAGCTGT miRNA 
3 CTAGACTGAAGCTCCTTGAAAA seq_100048_x4 4 hsa-miR-151a-3p 47 65 0 I-AAA 0 gg CCTACTAG GAGGACAG miRNA 
4 AGGCGGAGACTTGGGCAATTGC seq_100059_x4 4 hsa-miR-25-5p 14 35 0  0 0 C TGAGAGGC ATTGCTGG miRNA 
5 AAACCGTTACCATTACTGAAT seq_100067_x4 4 hsa-miR-451a 17 35 0 I-AT 0 gtt AAGGAAAC AGTTTAGT miRNA 
6 TGAGGTAGTAGCTTGTGCTGTT seq_10007_x24 24 hsa-let-7i-5p  6 27 12CT  0 0 0 TGGCTGAG TGTTGGTC miRNA 
    precursor ambiguity 
1 hsa-mir-122   1 
2 hsa-mir-30d   1 
3 hsa-mir-151a   1 
4 hsa-mir-25   1 
5 hsa-mir-451a   1 
6 hsa-let-7i   1 

出力

ID             freq 
hsa-miR-122-5p_TGGAGTGTGATAATGGTGTTT_11TC_0_0_g  4 
hsa-miR-30d-5p_TGTAAACATCCCCGACCGGAAGCT_17CT_0_0_CT  4 

Answer 1

file_list <- list.files(pattern = "*.mirna") 
df = data.frame() 
for (i in file_list) { 
    df <- rbind(df,read.csv(paste(i))) #combines all files into a single dataframe 
} 

df$merged <- paste(df$seq,df$mism,df$add,df$t5,df$t3,sep = "_") 
df <- data.frame(ID = df$merged,freq = df$freq)