メイクファイルは以下に含まれています。これは、オブジェクトファイルと2つのターゲットの長いリストです。問題は、最初のターゲットで$(INC)が無視されているようです。たとえば、出力は "g ++ -I/usr/home/jrm/tmp/proteus_beta -c -o main.o main.cpp"の代わりに "g ++ -c -o main.o main.cpp"で始まります。gnu makeファイルで無視されるインクルードパス
TIA
PROG = proteus
# list of object files
OBJS = main.o \
dataset.o \
genetic_codes.o \
likelihood_engine.o \
options.o \
parsimony.o \
parsimony_engine.o \
seq.o \
site_collection.o \
site_pattern.o \
tools.o \
optare/crs.o \
optare/point.o \
optare/newton_1d.o \
optare/golden_section.o \
models/model.o \
models/DNA/DNA_model.o \
models/DNA/DNA_ssm.o \
models/CODON/CODON_model.o \
models/CODON/CODON_modelA.o \
models/CODON/CODON_modelB.o \
models/CODON/CODON_modelC.o \
models/CODON/CODON_modelD.o \
models/CODON/CODON_M0.o \
models/CODON/CODON_M1.o \
models/CODON/CODON_M2.o \
models/CODON/CODON_M3.o \
models/CODON/CODON_M0gtr.o \
models/CODON/CODON_FEBC1.o \
models/CODON/CODON_FEBC1b.o \
models/CODON/FESC/CODON_FESC1.o \
models/CODON/CODON_nh/CODON_M0nh1.0 \
models/CODON/CODON_nh/CODON_M1nh1.0 \
models/CODON/CODON_nh/CODON_M1nh1.0 \
models/CODON/CODON_nh/CODON_M3nh1.0 \
models/CODON/CODON_nh/CODON_M0nh2.0 \
models/CODON/CODON_nh/CODON_MmodelAnh2.0 \
matrices/matrix.o \
matrices/DNA_matrix.o \
matrices/CODON_matrix.o \
matrices/AA_matrix.o \
matrices/int_matrix.o \
matrices/str_matrix.o \
matrices/eigen.o \
incidere/slice_sampler.o \
dendrology/forestry.o \
dendrology/node.o \
dendrology/DNA_node.o \
dendrology/tree.o \
alphabetia/alphabet.o \
alphabetia/DNA_alphabet.o \
alphabetia/CODON_alphabet.o \
alphabetia/AA_alphabet.o
CC = g++
INC=-I/home/jrm/tmp/proteus_beta
.C.o:
$(CC) $< -c $(INC)
$(PROG): $(OBJS)
$(CC) -o [email protected] $(OBJS) -lm
次回はコードをフォーマットしてください。 –