sepwidth heatmap.2（gplots）を設定する

Question

ヒートマップで行と列の間のsepwidthを増やそうとしています。 私はsepwidthを使用しますが、sepwidthを大きくしようとすると、列や行が右に移動しません。ここで

は一例であり

library(gplots) 
mat = matrix(rnorm(100), ncol=5) 
colorside = gray(1:5/5) 
bk1 = seq(min(mat),max(mat),length.out=11) 
col = redgreen(10) 

# And now the heatmap 
heatmap.2(mat, 
      key=FALSE, 
      trace="none", 
      ColSideColors=colorside, 
      cexRow=0.6, 
      breaks=bk1, 
      col=col, 
      sepwidth=c(0.4,0.4), 
      sepcolor="purple", 
      colsep=1:ncol(mat), 
      rowsep=1:nrow(mat)) 

は、任意の助けてくれてありがとう。

Answer 1

私はあなたが望むものを完全に理解しているかどうかはわかりません。とにかく私の推測では、最初の列の前と最初の行の上にスペースを追加したいということです。

sepwidthは、列と行の間のスペース量を定義し、ベクトルcolsepとrowsepの値に基づいてその領域を適用します。あなたのケースでは、簡単な次のコードのように、以前のcolsepとrowsepの定義の1つの単位を開始する必要があります。

setseed(8765) ## added for reproducibility 

# Your code 
library(gplots) 
mat = matrix(rnorm(100), ncol=5) 
colorside = gray(1:5/5) 
bk1 = seq(min(mat),max(mat),length.out=11) 
col = redgreen(10) 

## First call to get "hm1" 
hm1 <- heatmap.2(mat, 
       key=FALSE, 
       trace="none", 
       ColSideColors=colorside, 
       cexRow=0.6, 
       breaks=bk1, 
       col=col, 
       sepwidth=c(0.4,0.4), 
       sepcolor="purple", 
       colsep=0:ncol(mat), ## changed 
       rowsep=0:nrow(mat)) ## changed 

# Look at lwid and define a new one to use 
hm1$layout$lwid 
# [1] 1.5 4.0 
my_lwid <- c(1.0, 4.5) 

## call with altered lwid 
hm2 <- heatmap.2(mat, 
        key=FALSE, 
        trace="none", 
        ColSideColors=colorside, 
        cexRow=0.6, 
        breaks=bk1, 
        col=col, 
        sepwidth=c(0.4,0.4), 
        sepcolor="purple", 
        lwid = my_lwid,  ## added 
        colsep=0:ncol(mat), 
        rowsep=0:nrow(mat)) 
hm2$layout$lwid 

、私はこれがあなたが望んでいるかどうかをお知らせください。