R ggplot一致図

Question

私は複数の条件を持つ患者のデータベースに取り組んでおり、これらの条件の関連性を示すグラフィックを作成しようとしています。私はそれが次のコードを使用して示すことにしたいと、私はデータを作成

mal1 mal2 mal3 etc. 
0 0 1 
1 1 0 
0 1 0 etc. 

：として私のデータが整理され

：具体的には、私は以下のようなものを取得したいのですが：

X <- as.matrix(hdat2) 
out <- crossprod(X) 
diag(out) <- 0  

と私はとのプロット作成：

を

結果として私は私が同様にどのように、私相関行列私はできると（誤解を招くと思うれ、プロットの対称型半分を隠したいのですが

このプロットを得ます対称半分を隠す）。しかし、私はそれを行う方法については分かりません。

助けてもらえますか？ おかげ

Answer 1

まず、いくつかの再現性のあるデータ：、

toPlotHalf <- 
    melt(out) %>% 
    mutate_each(funs(factor(.)) 
       , starts_with("Var")) %>% 
    filter(as.numeric(Var1) < as.numeric(Var2)) 

ggplot(toPlotHalf 
     , aes(Var1, Var2)) + 
    geom_point(aes(size = value), colour = "black") + 
    theme_bw() + xlab("") + ylab("") + 
    scale_size_continuous(range=c(2,10)) 

注：ここでは

mat <- 
    data.frame(
    malA = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.2,0.8)) 
    , malB = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.3,0.7)) 
    , malC = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.4,0.6)) 
    , malD = sample(0:1, 100, TRUE, c(0.5,0.5)) 
) 

out <- crossprod(as.matrix(mat)) 
diag(out) <- 0 

あなたがdplyrを使用することに興味を持っているだけで半分にまで限定的な例でありますしかし、この方法では、あなたのプロットは非常に一般的な特定の病気によって支配されることになります。のみ含まれるようにしてデータ

toPlot <- 
    prop.table(out, 1) %>% 
    melt() %>% 
    filter(value > 0) 



ggplot(toPlot 
     , aes(Var1, Var2)) + 
    geom_point(aes(size = value), colour = "black") + 
    theme_bw() + xlab("") + ylab("") + 
    scale_size_continuous(range=c(2,10))