corrplotによる操作

Question

Rパッケージcorrplotからのプロットを操作したいと思います。パッケージから次の例では：

library(corrplot) 
data(mtcars) 
M <- cor(mtcars) 

cor.mtest <- function(mat, conf.level = 0.95){ 
    mat <- as.matrix(mat) 
    n <- ncol(mat) 
    p.mat <- lowCI.mat <- uppCI.mat <- matrix(NA, n, n) 
    diag(p.mat) <- 0 
    diag(lowCI.mat) <- diag(uppCI.mat) <- 1 
    for(i in 1:(n-1)){ 
    for(j in (i+1):n){ 
     tmp <- cor.test(mat[,i], mat[,j], conf.level = conf.level) 
     p.mat[i,j] <- p.mat[j,i] <- tmp$p.value 
     lowCI.mat[i,j] <- lowCI.mat[j,i] <- tmp$conf.int[1] 
     uppCI.mat[i,j] <- uppCI.mat[j,i] <- tmp$conf.int[2] 
    } 
    } 
    return(list(p.mat, lowCI.mat, uppCI.mat)) 
} 
res1 <- cor.mtest(mtcars,0.95) 

我々はX記号でそれらの統計的に意味のない細胞を用いて行列をプロットすることができます。また

corrplot(M, p.mat = res1[[1]], sig.level=0.05) 

、信頼区間は

で示すことができ

corrplot(M, low=res1[[2]], upp=res1[[3]], order="hclust", 
       rect.col="navy", plotC="rect",cl.pos="n") 

上記の2つのプロットを以下の操作と組み合わせたいと思います。

1）統計的に有意な（些細ではない）細胞の色を濃い青などの色で塗りつぶすことは可能ですか？

2）上三角部分を使って信頼区間を表示しながら、行列の下三角部分をプロットするにはどうすればよいですか？あなたの第二の質問について

Answer 1

、あなたは可能性があり プロット下三角：

corrplot(M, p.mat = res1[[1]], sig.level=0.05, 
     type='lower', tl.pos='lt') 

と上位1：あなたの第1の質問について

corrplot(M, low=res1[[2]], upp=res1[[3]], order="hclust", 
     rect.col="navy", plotC="rect",cl.pos="n", 
     type='upper', tl.pos='n', add=T) 

を、私はあなたが何を意味するかわからないんだけど背景（私はまだコメントできません - 私はここに書きます）。

EDIT：p値に従って各四角形の背景色を設定する1つの方法は、bgのマトリックスを与えることです。これはtype = "full"に対してのみ機能します。三角形の部分では、これを調整する必要があります。そうでなければ、プロットされていない行列の部分から色が使用されます。

sig_level = 0.05 
bg_colors <- res1[[1]] < sig_level 
bg_colors[bg_colors == T] <- "yellow" 
bg_colors[bg_colors == F] <- "white" 
diag(bg_colors) <- "white" # if the diagonal values shall be white 

# select colors from lower/upper part of matrix: 
bg_colors_lower <- bg_colors[lower.tri(bg_colors, diag=T)] 
bg_colors_upper <- bg_colors[upper.tri(bg_colors, diag=T)] 

# lower triangle 
corrplot(M, p.mat = res1[[1]], sig.level=sig_level, 
     type='lower', tl.pos='lt', bg=bg_colors_lower) 

# upper triangle 
corrplot(M, low=res1[[2]], upp=res1[[3]], order="hclust", 
     rect.col="navy", plotC="rect",cl.pos="n", 
     type='upper', tl.pos='n', add=T, bg=bg_colors_upper) 

これは与える：