2017-04-06 10 views
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msms.exeがこの単純なスクリプトでの動作を停止しました。デバッグにお役立てください。私は別のpdb、同じ結果でそれを試してみました。 ResidueDepth.pyをご覧ください。AssertionError:コマンドを使用してサーフェスファイルを生成できませんでした

てAssertionError: MSMS -probe_radius 1.5 C -if:\ Users \ユーザーアフマド\のAppData \ローカル\一時\ tmp2pa74le2 -of C:コマンドを使用して、表面のファイルの生成に失敗しましたユーザーを\ \アフマド\のAppData \ローカル\ Tempにし\ tmpf7zqwkg6> C:\ Users \ユーザーのウィンドウ上で実行することはできませんbashスクリプトであるアフマド\のAppData \ローカル\の一時\

from Bio.PDB import PDBParser, ResidueDepth 

p = PDBParser() 
s = p.get_structure("X", '1crn.pdb') 
model = s[0] 

rd = ResidueDepth(model, '1crn.pdb') 
print(rd[(chain_id, res_id)]) 

答えて

0

ResidueDepthコードがpdb_to_xyzrに依存tmpncvn65g4、。この問題に関して問題が発生しましたhere

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