複数のアロケートされた配列の類似性パーセンテージを見つける方法

Question

私の質問はタンパク質配列のアライメントに関連しています。私がClustalWをalignmnetに使用すると、アイデンティティのパーセンテージ、非常によく似た、毎週のようなものが見えます。しかし、私はアイデンティティではないすべての整列した配列の類似率を求めたい。

私はそれを解決するアルゴリズムを見つけるのに役立つが、私はそれらをダウンロードすることはできませんex：MStatXこれは私の問題を解決するために有望だが、何とかそれをダウンロードするための情報を見つけることができません。

私は、配列の類似性の割合を計算するための1つのソリューションのようなMatrixについても読んでいます。この場合でも、ソフトウェアがあればダウンロードするための情報がどこにあるかわかりません。

複数の並べ替え順で類似度を計算するための適切なツールや方法を見つけ出すのに手伝ってください。

ありがとう、 パビトラ。

Answer 1

Smith-Watermanについて聞いたことがありますか？ Smith-Watermanは、配列の類似性を計算するのに役立ちます（実際はDNAで始まりました..）。しかし、中間的な行列を計算する方法を学ぶと、それを使って他の多くの重要かつ有用な情報を見つけることができます

）部分一致としてウィキメディアへ

Answer 2

レーベンシュタイン距離アルゴリズム リンク： http://en.wikipedia.org/wiki/Levenshtein_distance あなたはこの答えに展開するあなたのための実装固有の言語