は、私はこのようになります行列を持つ行列

Question

から特定の文字列の出現をカウントB/B "を各セルから取り出し、新しいマトリックスに入れる。 「A/A」が検出された場合、カウントは2であり、「B/B」が0であった場合、および「B/B」が0であった場合には、カウントはマトリックスのそのセル内で1になる。

だから、基本的には、新しい行列は次のようになります。

[1] 1 2 1 1 0 0 0 0 2 1 ... so on 
[16] 0 1 0 0 1 0 0 1 1 1 ... 

私はそうすることの試みで 行列になるだろう、私のコードは次のようになります。

count <- 0 
for(i in dim(matrix1)[1]) 
{ 
    if(snp1 == "B/A") 
    count = count + 1 
} 
print(count) 

しかし、私はこの出力を取得エラー：

Warning message: 
In if (snp1 == "B/A") count = count + 1 : 
    the condition has length > 1 and only the first element will be used 

Answer 1

たぶん、このようなものは動作します：

# Generate data 
alleles <- c("B/B", "B/A", "A/A") 
genotype <- matrix(sample(alleles, 20, replace = TRUE), 5) 

#  [,1] [,2] [,3] [,4] 
# [1,] "B/B" "A/A" "B/A" "A/A" 
# [2,] "B/B" "A/A" "A/A" "B/B" 
# [3,] "A/A" "A/A" "B/B" "B/A" 
# [4,] "B/A" "B/B" "B/A" "A/A" 
# [5,] "B/B" "B/A" "B/A" "B/A" 

genotypeQuant <- matrix(as.numeric(factor(genotype, levels = alleles)) - 1, 
         nrow = nrow(genotype)) 

#  [,1] [,2] [,3] [,4] 
# [1,] 0 2 1 2 
# [2,] 0 2 2 0 
# [3,] 2 2 0 1 
# [4,] 1 0 1 2 
# [5,] 0 1 1 1 

まず要因（ベクトルallelesで提供さ順）にあなたのマトリックス（対立遺伝子/ SNPを）変換して数値にこれらの要因を変換します。

Answer 2

"A/A"、 "B/A" と "B/B" を使用して、ベクターがdf呼ばれると仮定すると、私はちょうど使用します。

df[df=="B/B"] <- 0 
df[df=="B/A"] <- 1 
df[df=="A/A"] <- 2 
df <- as.numeric(df) 

限り、あなたは本当にこれらのみを持っているとして、 3つのユニークな値、このソリューションはトリックを行うだろう。