私は大規模なデータセットの視覚化のためにBokehについて多くのことを読んできました。私は2500万ポイント以上のヒートマップをプロットする予定です。BokehのWebGLはヒートマップをスピードアップしますか？
WebGLのスピードアップについてpageを読んで、グリフ付きのプロットが高速化されると言います。
Heatmap plotはグリフを使用していますか？ヒートマッププロット用にWebGLを有効にすることでメリットがありますか？
Bokehが描くほとんどすべては、ある種のグリフです。ただし、実際にリンクしているそのページのテキストには、「グラフィックスハードウェア上で一部のグリフタイプがレンダリングされます」と記載されています。現在（Bokeh 0.12.3現在）WebGLのサポートはスキャッタタイプのマーカー（例：circle、xなど）および行にのみ適用されます。しかし、HeatMapはRectグリフを使用して実装されているので、WebGLが現時点で改善をもたらすとは思わないでしょう。
しかし、私は次のように付け加えます：実際のパフォーマンスホットスポットを徹底的に調査することは良いことです。 BokehはPythonライブラリとJavaScriptライブラリの2つのライブラリです。パフォーマンス上の問題が発生している場合は、JS側にあることを確認してください。たとえば、データサイズが何であるかを指定していないとします。実際にそれがあなたの問題であるbinning/aggregation（Python側で起こる）ではないと確信していますか？
最後に、データサイズが数百万〜十億の範囲にある場合は、おそらく別のbokeh/datashader projectが必要です。