無向グラフのプロットは、エッジの一端のエッジと頂点の間のギャップを示します。

Question

igraphを使用して作成された非常に簡単な無向グラフのプロットを考えてみましょう。

library(igraph) 

edges = matrix(c(1,2), nrow=1, ncol=2) 
g = graph.edgelist(edges, directed=FALSE) 
set.seed(42) 
plot(g, edge.width=2, vertex.size=30, edge.color='black', main='') 

エッジと頂点2との間に小さな隙間があるが、エッジと 頂点1との間のギャップを除去する方法はありますか？

私が実際に作業しているグラフは大きく、エッジはたくさんあります。 短いです。上記の例では、ギャップはほとんど気づかれませんが、私の場合は が混乱しています。

Answer 1

これは実際にはigraphのバグであり、矢印ヘッドが存在しない場合でも、igraphが矢頭のためにある程度のスペースを残しているために起こります。私は次のigraphバージョンで修正します。

回避策として、各エッジを2回重ねてプロットすることができます。このためには、矢印を指示してから矢印を避けるためにedge.arrow.modeオプションを使用する必要があります。これは、矢印プロッタによってエッジの一方の端だけが変更されたためです。この方法でグラフをプロットするのはいくぶん愚かですが、今はもっと良い回避策を見つけることができません。私が言ったように、新しいバージョン（0.6.4以降のバージョン）ではこの問題は発生しません。

library(igraph) 

# Zoom in on the critical region, although the gap always has the 
# same size, unless you make the plotting window bigger 
g <- graph(c(1,2), directed=FALSE) 
par(mar=c(0,0,0,0)) 
plot(g, edge.width=2, vertex.size=20, edge.color='black', main='', 
    rescale=FALSE, xlim=c(0.9,1), ylim=c(0.9,1), 
    layout=rbind(c(0,0), c(1,1)), vertex.color="#ffffff11") 

# This plot should have no gaps 
g2 <- as.directed(g, mode="mutual") 
par(mar=c(0,0,0,0)) 
plot(g2, edge.width=2, vertex.size=20, edge.color='black', main='', 
    rescale=FALSE, xlim=c(0.9,1), ylim=c(0.9,1), 
    layout=rbind(c(0,0), c(1,1)), vertex.color="#ffffff11", 
    edge.arrow.mode="-") 

Answer 2

私は?igraphページを読んで、「美しいアンチエイリアス化されたカイロデバイス」?igraphを使用するように勧めました。

だから、私は小さなギャップがないようにPNGやPDF版の両方が見える

library(Cairo) 
Cairo(1600, 1600, file="plot.png", type="png", bg="white") 
plot(g, edge.width=2, vertex.size=30, edge.color='black', main='') 
dev.off() 

と、

CairoPDF("plot.pdf", 6, 6, bg="transparent") 
plot(g, edge.width=2, vertex.size=30, edge.color='black', main='') 
dev.off() 

を試してみました。

あなたのために働くかどうか教えてください。