NCBIコマンドラインブラストを使用してデータベースの件名シーケンスを一致させないでください

Question

Blastコマンドラインを使用しています。問合せ（長さ9）はADZTZZETKですが、データベース・シーケンスに対してブラストされると、長さ8（ADZTZZET：ADZTZZET）のアラインメントが得られます。これは、クエリー配列Kの最後の9番目の文字がデータベース配列と誤ってマッチしていることを意味します。しかし、私はまだデータベースシーケンスの9番目の不一致文字を取得したい。誰かが私にコマンドラインの爆発で使うべきオプションを教えてもらえますか？

Answer 1

残念ながら、BLASTから完全なクエリーまたはサブジェクト配列を取得することはできません。 command-line documentationのoutfmtオプションを見ると、最も近いオプションはsseqで、Aligned part of subject sequenceと表示されます。 FASTA形式でデータベースをダウンロードすることができれば、そのファイルを別々に解析して件名のシーケンスを取得することができます。