テーブル内の条件付き集計R

Question

果実の挙動に対する一対の遺伝子相互作用（> 300K）の影響を分析しており、問題にぶつかっています。私は177本の線を横切って特定の対の遺伝子状態（対立遺伝子）がどれくらいの頻度で出現するかを数えたいと思う。

いくつかのプレイテーブル：

state1 <-c("A","B","C","A","B","A") 
state2 <- c("B","C","D","D","D","C") 

df1 <- data.frame(state1,state2) 

state <- c("A","B","C","D") 
line_1 <- c(0,0,2,0) 
line_2 <- c(0,0,0,2) 
line_3 <- c(2,2,2,0) 
line_4 <- c(0,2,2,2) 
line_5 <- c(2,0,0,0) 

df2 <- data.frame(state,line_1,line_2,line_3,line_4,line_5, stringsAsFactors = F) 

私は、各状態の組み合わせで行数を返す出力（STATE1 = 0とSTATE2 = 0、STATE1 = 0とSTATE2 = 2、STATE1を取得するために期待しています=これらの組み合わせのそれぞれで2及びSTATE2 = 0、STATE1 = 2及びSTATE2 = 2）とライン：

> resultdf 
    state1 state2 state10state20 state10state22 state12state20 state12state22  lines00  lines02  lines20  lines22 
1  A  B    1    1    2    1  line_1,line_2 line_4  line_5  line_3 
2  B  C    1    2    0    2  line_5 line_1,line_2   NA line_3,line_4 
3  C  D    1    0    2    2  line_5   NA line_1,line_3 line_2,line_4 
4  A  D    1    1    2    1  line_1  line_4 line_3,line_5  line_2 
5  B  D    2    1    1    1 line_1,line_5  line_2  line_3  line_4 
6  A  C    0    2    1    2   NA line_1,line_4  line_5 line_2,line_3 

私はforループやif文の中に見て始めたが、Rが良い他の事をすることがわかりました。私はRの初心者です（そして一般的にコーディングしています）ので、次にどこに向かうのかは分かりませんでした。ご協力いただきありがとうございます。

Answer 1

これはそれを行う必要があります。

は、まず、すべての遺伝子の組み合わせのテーブルを作成することができます。 （すでにDF1でこれを持っているが、我々はこれではなく、ハードコードのように、それを自動化することができます）：状態

both_true = function(x) x[1,] & x[2,] 
neither_true = function(x) !x[1,] & !x[2,] 
first_true = function(x) x[1,] & !x[2,] 
second_true = function(x) !x[1,] & x[2,] 

別のヘルパーの各可能な組み合わせをテスト

今

com = combn(unique(df2$state), 2) 

いくつかのヘルパー関数を今、私たちはあなたのデータにこれらの関数を適用することができます

all_pos = function(x) c(
    sum(both_true(x)), 
    sum(neither_true(x)), 
    sum(first_true(x)), 
    sum(second_true(x))) 

を以前のものをそれぞれ使用し、一緒にその結果のカウントをステッチ機能は、

0123を設定します

res = apply(com, 2, function(x) all_pos(df2[df2[,1] %in% x, -1])) 

そして、我々は

同様

colnames(res) = apply(com, 2, paste0, collapse='') 
rownames(res) = c('both', 'neither', 'first', 'second') 

res 
#   AB AC AD BC BD CD 
# both  1 1 0 2 1 1 
# neither 2 1 1 2 2 1 
# first 1 1 2 0 1 2 
# second 1 2 2 1 1 1 

行番号自体を取得するために出力を解釈できるように、列/行名を設定します。 `resultdf``アンダー

which_pos = function(x) c(
    paste(which(both_true(x)), collapse=','), 
    paste(which(neither_true(x)), collapse=','), 
    paste(which(first_true(x)), collapse=','), 
    paste(which(second_true(x)), collapse=',')) 
res2 = apply(com, 2, function(x) which_pos(df2[df2[,1] %in% x, -1])) 
colnames(res2) = apply(com, 2, paste0, collapse='') 
rownames(res2) = c('both', 'neither', 'first', 'second') 
res2 
# 
#   AB AC AD BC BD CD 
# both "3" "3" "" "3,4" "4" "4" 
# neither "1,2" "2" "1" "2,5" "1,5" "5" 
# first "5" "5" "3,5" "" "3" "1,3" 
# second "4" "1,4" "2,4" "1" "2" "2"