2016-08-06 14 views
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PySBをAnaconda3とWindows7で使用しようとしています。私は関連するdepedencies(numpy、scipy、sympi、perl)を作業環境に追加しました。しかし、私はBioNetGenプログラムに苦労しています。私はそれをダウンロードし、BNGへのパスを追加しましたが、自分の環境に追加することはできません。ここでAnaconda環境にBioNetGenを追加する

は、私が試したものです:

>conda search bionetgen 

Using Anaconda Cloud api site http.... 
Fetching package metadata... 

その後何も起こりません。その後

>pip install bionetgen 
Collecting bionetgen 

エラーメッセージ:

Could not find a version that satisfies the requirement bionetgen (from versions:) 
No matching distribution found for bionetgen 

最後に、私が試した:私は手動でBioNetGenプログラムを開き、GUIを取得することができますしかし

>easy_install bionetgen 
Processing bionetgen... 
error: could not find a setup script in C:\.... 

ので、私はそれが正しくインストールされていると仮定します。私はちょうどそれをアナコンダに加える方法を知らない。 BioNetGenがperl上で動作するという問題はありますか?

pysbモデルを視覚化するための仮想ボックスがありますが、手動で依存関係をインストールすることをお勧めします。

ありがとうございました!

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これはPythonコミュニティのための質問ではないと思います。おそらく、BioNetGenのドキュメントを読んで、Pythonへの接続がどのように機能するかを理解する必要があります。私はBioNetGenがPythonパッケージであることも知らない。 – Kartik

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ここにあります:http://bionetgen.org/index.php/Using_the_BNGConsole#An_example_using_Pythonこれによると、 'pexpect'パッケージが必要です。これは、' pip'がインストールされていて、ドキュメントによると、https://pexpect .readthedocs.io/ja/stable/install.html – Kartik

答えて

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はい、BioNetGen自体はPerlで書かれているため、pipや他のPythonパッケージマネージャーではインストールできません。

は、名前を変更し、解凍したBioNetGen-XYZフォルダを単にBioNetGenと/ usr /にそれを を移動するには:PySBがそれを見つけることができますあなたのプラットフォーム用のBioNetGen command-line interfaceをダウンロードし、それをインストールするには、PySB installation documentationの指示に従ってくださいする必要がありますローカル/シェア(MacまたはLinux)またはC:¥Program Files (Windows)。他の場所に置く場合は、 BNGPATH環境変数をBioNetGen-x.y.z フォルダのフルパスに設定します。

BioNetGenの「GUI」に言及すると、コマンドラインツールではなくRuleBender GUIインターフェイスをダウンロードしたと言えます。 PySBのドキュメントでは、コマンドラインツールが必要であることを明示的に述べていません。この見落としを間違いなく修正します。

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