バイオインフォマティクス - アトムシーケンスを取得する必要があります

Question

BioJavaのメソッドを検索して、PDBファイルからAtomシーケンスを取得します。 私はBioJava APIを見ましたが、getAtomSequence（）ではアミノ酸を捕まえました。 私はBioJavaでいくつかの他のメソッドを試しましたが、私が望むように何も働かなかった。

誰でも私をここで助けることができますか？

おかげ

Answer 1

私はそれを解決...興味のため ソリューション：

try{ 

     PDBFileReader read=new PDBFileReader(); 
     Structure pdb=read.getStructure(filename); 
     System.out.println("PDB code :"+pdb.getPDBCode()); 

     List chains=Collections.synchronizedList(new ArrayList()); 
     chains=pdb.getChains(); 

     for(Iterator iter=chains.iterator();iter.hasNext();){ 
     Chain c=(Chain)(iter.next()); 
     System.out.println("Chain :"+c.getName()+"\n"+"Seq aa :"+c.getAtomSequence()); 
     for(int j=0;j<c.getAtomLength();j++){ 
      for (int k=0; k < c.getAtomGroup(j).size(); k++){ 
      Atom a=c.getAtomGroup(j).getAtom(k); 
      System.out.println("Name : "+a.getName()+" X : "+a.getX()+" Y : "+a.getY()+" Z : "+a.getZ()); 
      } 
     }