.gzファイルのグループを検索するためにBashでループを作成する方法

Question

OS X El Capitan V10.11.3で作業しています。

テストファイルで動作する構文を取得できましたが、.gzファイルのグループで使用するのが苦労しています。

テストファイルに従事：

#!/bin/bash 
while read p; do 
    grep $p test2.txt>> final.txt 
done <test3.txt 

私は「test3.txt」ファイル内のSNPのリストを使用して30以上の.gzファイルを検索するためのループを記述しようとしています

#!/bin/bash 
while read p; do 
grep $p zcat chunk?-chr*.imputed.info.gz >> Final.txt 
done <test3.txt 

。

test3.txtファイルが.gzというファイルで表される1つのSNP。私はそれより上の構文を実行すると、ファイルproxy_imputed.txtを作成しますが、SNPを引っ張っていませんがあります。

任意の考え？

Answer 1

私は同じプラットフォーム上だが、あなたの構文は動作させることができなかった - これは、所望の結果を達成するようだ（findString.shそれを呼び出す）：

#!/bin/bash 

while read p ; do 
    gzcat *.gz | grep $p >> Final.txt; 
done 

のように実行すると：

./findString.sh < test3.txt 

私が正しい道にいるかどうかは不明ですが、うまくいくようです。 gzcatを使用してgzipファイルを読み込む必要がありました.zcatは* .Z