SGEへのサブミットスクリプトを作成しようとしています

Question

作業用のbashスクリプトをSGEスクリプトに編集して、クラスターにジョブとして送信しようとしています。

現在、私が持っている：

#!/bin/bash 

# Perform fastqc on files in a specified directory. 

for ((j=1; j <=17; j++)) 
do 
    directory=/data4/una/batch"$j"/ 
    files=$""$directory"/*.fastq.gz" 
    batch=$"batch_"$j"" 
    outfile=$""$batch"_submit_script.sh" 

    echo "#!/bin/bash">>$outfile; 
    echo "# Your job name">>$outfile; 
    echo "# -N $batch">>$outfile; 
    echo "# The job should be placed into the queue 'all.q'">>$outfile; 
    echo "#$ -q all.q">>$outfile; 
    echo "# Running in the current working directory">>$outfile; 
    echo "#$ -cwd">>$outfile; 
    echo "">>$outfile; 
    echo "# Export some necessary environment variables">>$outfile; 
    echo "#$ -S /bin/bash">>$outfile; 
    echo "#$ -v PATH">>$outfile; 
    echo "#$ -v LD_LIBRARY_PATH">>$outfile; 
    echo "#$ -v PYTHONPATH">>$outfile; 
    echo "# Finally, put your command here">>$outfile; 
    echo "">>$outfile; 
    echo "#$ for i in $files;">>$outfile; 
    echo "#$ do;">>$outfile; 
    echo "#$ fastqc -f fastq -o /data4/una/test/fastq/$i;">>$outfile; 
    echo "#$done">>$outfile; 
    echo "">>$outfile; 

    qsub $outfile; 
done 

しかし、私はエラーを取得しています：

Unable to read script file because of error: ERROR! invalid option argument "-f" 

しかし

fastqc -f fastq -o /data4/una/test/fastq/$i 

は私のbashスクリプトで完全に有効なラインです。

思考？

ありがとうございます！

Answer 1

実際にこのエラーの原因となっていたループのフォーマットが正しくありませんでした。私はすべての#$とそれらのラインを起動する必要はありませんでしたので、これらの行は次のようになります。エラーに関連している場合

echo "for i in $files;">>$outfile; 
echo "do">>$outfile; 
echo " fastqc -f fastq -o /data4/una/test/fastqc $i">>$outfile; 
echo "done">>$outfile; 
echo "">>$outfile; 

qsub $outfile;