Rcircosプロットパッケージのエラー

Question

RCircosパッケージを数週間使用しようとしていましたが、コードを実行するたびに私が理解できないエラーが発生します。 私のデータ：

Chr Start End         Gene 
1 chr1 801943 801943 LOC643837(dist=12203),FAM41C(dist=1508) 
2 chr1 802289 802289 LOC643837(dist=12549),FAM41C(dist=1162) 
3 chr1 802300 802300 LOC643837(dist=12560),FAM41C(dist=1151) 
4 chr1 802320 802320 LOC643837(dist=12580),FAM41C(dist=1131) 
5 chr1 802338 802338 LOC643837(dist=12598),FAM41C(dist=1113) 
6 chr1 802381 802381 LOC643837(dist=12641),FAM41C(dist=1070) 

私のコード：

> library(RCircos) 
> setwd("~/Desktop/") 
> data("UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram")  
> my_data <-read.csv("data.csv", header = T, sep="\t")  
> cyto.info <-UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram 
> tracks.inside <-10 
> tracks.outside <-0  
>chr.exclude <-NULL 
> RCircos.Set.Core.Components (cyto.info, chr.exclude, tracks.inside,tracks.outside) 
> pdf("Rcircos.pdf", height = 8, width = 8, compress = T) 
> RCircos.Set.Plot.Area() 
> RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot() 
>name.col <-4 
> side <-"in" 
> track.num <-1 
> RCircos.Gene.Connector.Plot(genomic.data= my_data, track.num = 
track.num, side=side) track.num <-2 
> RCircos.Gene.Name.Plot(my_data, name.col,track.num, side) 
> dev.off() 

私は取得していますエラーは次のとおりです。RCircos.Validate.Genomic.Dataで「エラー（genomic.data = my_data、plot.type = C （ "プロット"）：プロットデータの一部の染色体が表意文字ではありません。 "

サイトバンドの表意文字を変更しようとしましたが、hg38を何も使用せず、データをチェックしてすべての染色体終わりの位置は、UCSCから見出されるサイトバンド情報の範囲にあります。このパッケージのためのドキュメントがまだありませんが、私はそれを確信している簡単な解決策がありますが、私はこれを理解できません。誰かが私にエラーがどこにあるのか、私は何を試してみるべきか説明できたら大変感謝しています。

ありがとうございました

Answer 1

私は同じ問題がありました。アイデアグラムを変更することで、この問題を解決できます。あなたのコードではっきりしているように、あなたはこの表意文字UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogramを使用しています。これは、ヒトゲノムアノテーションの古いバージョンです。あなたはこの1つを使用している場合、私はあなたがこの問題を回避することを願っています：ベスト

data("UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram")  
cyto.info <- UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram; 

、 メフディ