PBSスクリプトの連鎖方法は？

Question

パート1を終了した後にパート2を実行したいところで、このビットのPBSコードを実行しようとしていますが、何らかの理由でパート1を終了してもパート2が実行されません。どのようにしてこれをパート2を一度に実行させることができますか？任意のプログラムと同様に

#!/bin/bash -l 
#PBS -N AOGC_Contest 
#PBS -l walltime=10:00:00 
#PBS -l mem=10gb 
#PBS -J 0-2 

cd /mypath 

##module load java ##AN commented out 
##module load gatk ##AN commented out 


SNP=/mypath/file.vcf 
TMPDIR=/mypath/Contest/data/test_tmpdir/ 
FASTA=/mypath/Contest/data/hg19.fasta 
CONTAMINATION=/mypath/Contest/data/test_contamination/ 
POPFILE=/mypath/Contest/data/hg19_CHR_FIXED.vcf 

BAMS=(/mypath//S05-F13-P01_C06A1ACXX-1-13.ReCal.sort.bam /mypath//S08-F10-P01_C06A1ACXX-2-13.ReCal.sort.bam /mypath//AOGC-02-0010_C0J43ACXX-4-13.ReCal.sort.bam) 

SAMPS=(S05-F13-P01 S08-F10-P01 AOGC-02-0010) 

BAM=${BAMS[$PBS_ARRAY_INDEX]} 
SAM=${SAMPS[$PBS_ARRAY_INDEX]} 

#BAM=${BAMS[1]} 
#SAM=${SAMPS[1]} 

echo "$SAM" 

part1を

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ 
-T SelectVariants \ 
-U ALLOW_SEQ_DICT_INCOMPATIBILITY \ 
-R ${FASTA} \ 
-V $SNP \ 
-o ${TMPDIR}/${SAM}_${PBS_ARRAY_INDEX}.vcf \ 
-nt 4 \ 
--excludeNonVariants \ 
--removeUnusedAlternates \ 
--keepOriginalAC \ 
--keepOriginalDP \ 
-sn ${SAM} 

その2

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ 
-T ContEst \ 
-U ALLOW_SEQ_DICT_INCOMPATIBILITY \ 
-I ${BAM} \ 
-R ${FASTA} \ 
--popfile ${POPFILE} \ 
--genotypes:VCF4 ${TMPDIR}/${SAM}_$PBS_ARRAY_INDEX.vcf \ 
-o ${CONTAMINATION}/contamination_${SAM}_${PBS_ARRAY_INDEX}.txt 

Answer 1

意思と実際の間にいくつかの違いがあるとき、シェルスクリプトは、 "動作しません"。あなたの場合、変数が意図したとおりに設定されていないように見えます。

$ SAMPS=(S05-F13-P01 S08-F10-P01 AOGC-02-0010) 
$ echo $SAMPS 
S05-F13-P01 

あなたはSAMPSは空白を含む文字列全体を、持っているしたい場合は

、引用それ：

$ SAMPS='S05-F13-P01 S08-F10-P01 AOGC-02-0010' 
$ echo $SAMPS 
S05-F13-P01 S08-F10-P01 AOGC-02-0010 

（私は先頭と末尾の空白を含めてお勧めしませんそれはあなたが使用するときに追加することは簡単です。変数）。

一般的なデバッグ手法として、$ bash -x scriptnameは変数の展開方法を示します。また、スクリプトにset -xとset +xを振りかけることで、問題のある箇所でさらに冗長にすることができます。

HTH。