ファースト・ヘッダーの順番を変更する

Question

私は、複数のファスト・ファイルと、各ファイルが常に同じ順序（種の言葉で）で8つのヘッダーを持っています。例えば、それは、それらのヘッダーを

jgi 
jgi 
maker 
maker 
maker 
jgi 
maker 
maker 

かかわらずを与える

grep -o -E "^>\w+" batch2.seq 

と

grep -o -E "^>\w+" batch1.seq 

jgi 
jgi 
augustus_masked 
augustus_masked 
augustus_masked 
jgi 
augustus_masked 
augustus_masked 

のように、私は内のファイルのすべてのFASTAのヘッダ（数8）の名前を変更したいですフォルダへ

Ara 
Soy 
Gly 
Tom 
Whe 
Cor 
Nat 
Blu 

Answer 1

救助に！

awk 'NR==FNR{names[NR]=$0; next} 
     /^>/{$1=">"names[++c]}1' names fasta > fasta.new 

スクリプトを使用するときは、新しいヘッダーリストをファイルnamesに保存してください。