2017-03-08 4 views
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をプリントアウトすることができなかった、私はSYSTEM2(からの出力を見ることができる)によって:knitrは、RコンソールでSYSTEM2()出力

> STAR<-'/opt/NGS/STAR/STAR-2.5.2b/bin/Linux_x86_64_static/STAR' 
>  system2(STAR,'--version') 
STAR_2.5.2b 

しかし、私はそのような.Rnwファイルにチャンクを持っている場合:

\begin{frame}[fragile]{Global STAR settings} 
<<echo=TRUE, results="asis">>= 
STAR<-'/opt/NGS/STAR/STAR-2.5.2b/bin/Linux_x86_64_static/STAR' 
system2(STAR,'--version') 
@ 
\end{frame} 

ページにはSTAR_2.5.2bが印刷されていますが、何も印刷されていません。なぜ誰が知っていますか?

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'stdout = TRUE'つまり' system2(STAR、 ' - version'、stdout = TRUE)を設定してみてください。 –

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あなたの提案をありがとう!それは今修正されました。 –

答えて

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stdout = TRUEすなわちsystem2(STAR,'--version', stdout = TRUE)を設定してみてください。

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