Knitr：チャンクコード出力を端末にリダイレクト

Question

knitrファイルに埋め込まれた非常に長い並列化計算を監視したい。

計算は私が書いたパッケージに依存しており、関連する関数はマルチコアパッケージのmclapplyを使用して並列化しています。この関数は、utilsパッケージのtxtProgressBarのわずかに変更された実装を使用して、計算の進行を監視するプログレスバーを出力します。プログレスバーはターミナルに印刷され、mclapplyの繰り返しが完了するたびにfifo接続を介して更新されます。

これは、ファイルからのソースまたは関数の直接呼び出しではうまく動作しますが、これをknitr内で動作させる方法はありません。関連するチャンクオプションを試しましたが、メッセージと警告は端末にリダイレクトされますが、プログレスバーは取得できません。誰も助けることができますか？

申し訳ありませんが、最小限の動作例は提供していませんが、私はこの設定でどのように作成できるかわかりません。

Answer 1

txtProgressBar()がstdoutに書き込みを行い、knitrがすべてをstdoutに取り込むので、現在はテキストベースでstdoutに書き込む場合はプログレスバーを表示するのが容易ではありません。おそらく私はevaluate::evaluate(debug = TRUE)を内部的に使ってあなたが望むものを達成することができますが、それがテキストの進行状況バーとうまくいくかどうかは完全にはわかりません。現時点では

私の提案は以下のとおりです。tcltk::tkProgressBar()

は、例えば、他の場所への進行を書くよう

• は、GUIベースのプログレスバーを使用します（AB）例えば、stderr

  ```{r progress} 
  pb = txtProgressBar(min = 0, max = 100, file = stderr()) 
  for (i in 1:100) { 
      setTxtProgressBar(pb, i) 
      Sys.sleep(0.05) 
  } 
  close(pb) 
  ``` 
  

• またはコードチャンク外で機能を使用を使用して（このようRNWで\Sexpr{my_multicore_function()}またはRMDで`r my_cool_fun()`など）インライン式に、インライン評価が標準出力をキャプチャしていないため、

Answer 2

は私がstdoutをリダイレクトする一時的なことをお勧めYihuiの答えに標準エラー出力にプログレスバーを印刷についてのポイントを読みましたstderrとsink()。

sink(stderr()) 

your_code() 

sink()