2011-07-21 8 views
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ブートパッケージでかなり大きなブートストラップをRで実行しました。すべてのメモリを割り当てないように)ブートを伝え、私は「TRUE =シンプルな」を使用していたブートオブジェクトを、(取得するには、だから、Rブートパッケージ:信頼区間を取得するのに十分なメモリがありません

Error: cannot allocate vector of size 2.8 Gb 

私が最初に(ブートを実行した)私はこれを得ました最初に(?ブートによると)。これはうまくいきましたが、数分かかりました。

今、私は信頼区間を取得する必要があります:

> boot.ci(vpe.bt, type="bca", simple=TRUE) 
Error: cannot allocate vector of size 2.8 Gb 

同じ問題! ?boot.ciによれば、この関数で使うことができる(単純な= TRUE)フラグはありません(私はそれを試しました)。

だから、boot.ci()を使ってこれを回避する方法はありますか?

もしそうでない場合は、使用できるメモリ容量を増やすために何ができますか?

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申し訳ありませんが、私はUbuntu 11.04でこれを実行していると言えます。 –

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たとえば、memory.limit(4000)と入力してメモリを増やすと、Rのメモリが4Gbに増加します。明らかに、あなたのコンピュータが持っているメモリの限界を上回ることはできません。あなたのエラーについては、私はこの機能に慣れていませんが、多すぎるブートストラップの複製をやっているかもしれません。あまりにも大きな行列を作成しようとすると、このエラーが発生しました。 –

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これはおそらくStackOverflowに入るはずですか?質問は、統計ではなくRのプログラミングに関するものです。 – highBandWidth

答えて

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私はboot.ciについてはわかりませんが、私の32ビットUbuntuシステムでは大きなベクトルで同様の問題が発生しています。 32ビットシステムでは、64ビットシステムで解決されるアドレス空間が限られています。

64ビットのいくつかの欠点がありますが、それはまだ標準ではなく、すべてのソフトウェアプロバイダがソフトウェアの64ビットコンパイルバージョンを持っているわけではなく、Flash Playerは私が最後に持っています64ビット用のベータ版のみを聞いた。これは、64ビットシステム上で32ビットソフトウェアを実行できるようにするライブラリをインストールすることによって(ただし、パフォーマンス上のペナルティはありますが)、通常は修正できます。 RにおけるBCA(調整ブートストラップパーセンタイル)信頼区間を計算

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はを作成する必要があります:

これらのリソースは、おそらく問題にいくつかのより多くの光を当てる追加することができます次元(観測数)×(担当者数)を持つ「重要度配列」。このような行列のコピーを少なくとも2つ処理するのに十分なメモリがない場合、この関数は機能しません。

しかし、標準ベース(type = 'normal')とパーセンタイルベースの信頼区間(type = 'percent')は有効です。

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