Rと同様のジッタプロットを生成するには？

Question

私はザックらの図1aに記載したものと同様Rでjitterplotを再現する、ネイチャージェネティクス、2013：。

Iはbeeswarmのfunctinoと海賊機能を試してみました。ビーズワーム機能は、ポイントを直線状に並べ、ラインのように見せます。 私はPirateplot関数も試してみましたが、一般的に好きですが、参照用紙のプロットで行われたように、y軸上の値に基づいて異なる点の色を変更する方法は分かりませんでした。

最終的に、点がY軸上のそれらの値に応じて海賊プロットのように散乱するが、カラーコードされなければなりません。

ご意見はありますか？

おかげ トム

Answer 1

私はggplot2は、ジッタプロットを作成するための最良のパッケージだと思います。

ids <- c(
    rep("id1", 20), 
    rep("id2", 20), 
    rep("id3", 20) 
) 

values <- runif(60) 

classes <- c(
    rep("class1", 30), 
    rep("class2", 30) 
) 

data <- data.frame(ids, values, classes) 

library(ggplot2) 

ggplot(data) + 
    geom_jitter(
    aes(ids, values, color = classes), 
    width = 0.1 
)