空白の画像が表示される

Question

私はMRI画像を.mha形式で処理するのにsimpleITKを使用しています。その後、それを数の少ない配列に変換します。私はmatplotlibを使用してイメージを視覚化することができます。しかし、私が前処理を実行するか、バイナリマスクでイメージを掛ければ、空白のイメージが得られます。私が欠けているものがありますか？私の単純化されたコードを以下に示します。

import SimpleITK as sitk 
import numpy as np 
from matplotlib import pyplot as plt 
input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha') 
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image) 
plt.imshow(input_array[0,:,:],cmap = 'gray') # I get an image for this. No preprocessing has been performed. 
plt.show() 
# However, if I replace input_array after preprocessing, I get a black square. 

これはデータの範囲と関係があると思いますが、どこでどこを特定できるのかわかりません。前処理前に視覚化されたイメージの最大値は744です。前処理後、これは4に低下します。これは問題が発生したときです。私が間違っているかもしれないどこへのポインタ？

Answer 1

処理前に画像のピクセルタイプを確認する必要があります。あなたがテストしているMRI画像ボリュームには、sitkInt32（符号付き32ビット整数）のピクセルタイプがあります。そのため、処理（除算など）によってピクセル値がゼロになり、黒い画像が得られる可能性が高くなります。

input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha') 
print(input_image.GetPixelIDTypeAsString()) 
input_image = sitk.Cast(input_image,sitk.sitkFloat32) 
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image) 

たり、numpyの配列データ型を処理する前に変更します： あなたはSimpleITKを使って浮くためにあなたのイメージをキャストすることができますいずれか

input_image = sitk.ReadImage('MRI.mha') 
input_array = sitk.GetArrayFromImage(input_image) 
input_array = input_array.astype(np.float32) 

はSimpleITK Image Basics notebookの画素タイプの詳細についてはこちらをご覧ください。