テーブルをループしてそのテーブルの情報を別のファイルに追加する

Question

これは私の最初の投稿であり、bashコーディングではかなり新しいです。 私はいくつかの実験を行いましたが、gnuplotでプロットするために、反応ラベルを結果に追加する必要があります。

私たちは、このようなファイルがあります：示されたファイルの最初の列は、複数の値が続き、同じである

G135b CH2O+HCO=O2+C2H3 
R020b 2CO+H=OH+C2O 
R021b 2CO+O=O2+C2O 

と（私は今のアクセスをカント、申し訳ありません）結果ファイルを。彼らは同じ順序ではありません。 ここでは、結果ファイルをループして、最初の列の値を取得し、示されたファイルで検索し、その行に反応ラベルを追加します。

1. 結果ファイルのすべての行をループして、一時変数の最初の列の値を取得する方法はありますか？ 私はこのように、この変数を使用したい：

   grep -r '^$var' shownfile | awk '{print $2}' 
   

   （バックこのような何かを与える：CH 2 O + HCOを= O2 + C 2 H 3）を私はResult-にその行の結果を追加するにはどうすればよい

2. ファイル？

編集：これまで

G135b : 0.178273 C H 2 O + H C O = O 2 + C 2 H 3

：

G135b CH2O+HCO=O2+C2H3

である私も、このようなファイルから行くためにスクリプトを書いた：

#!/bin/bash 
file=$(pwd) 
cd $file 
# echo "$file" 
cut -f1,3 $file/newfile >>tmpfile 
sed -i "s/://g" tmpfile 
sed -i "s/ //g" tmpfile 
cp tmpfile newfile 

3. ファイル内でcutコマンドを実行するにはどうすればよいですか？ sedの-iと同じです。私の回避策は、現在のディレクトリに別のファイルを作成するので、かなり醜いです。

ありがとうございました:)

Answer 1

joinコマンドは、内側には2つのファイルに（デフォルトでは）それぞれのWRTの第一の結合列を実行することになるここに働くだろう。 reactions.awkと呼ばれるファイルには、その後、awk -f reactions.awk shownfile resultfileを呼び出すこと

NR == FNR { data[$1] = $2; next; } 
{ print $0 " " data[$1]; } 

割引：awkを使用して

$ cat data 
G135b CH2O+HCO=O2+C2H3 
R020b 2CO+H=OH+C2O 
R021b 2CO+O=O2+C2O 

$ cat result_file 
G135b a b c 
R020b a b 
R021b a b x y z 

$ join data result_file 
G135b CH2O+HCO=O2+C2H3 a b c 
R020b 2CO+H=OH+C2O a b 
R021b 2CO+O=O2+C2O a b x y z 

Answer 2

は、それはのようなものになるでしょう。

Answer 3

awk '{a[$1]=a[$1]$2} END{for (i in a){print i,a[i]}}' file1 file2