2016-09-02 7 views
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リストに格納されている文字列の正確な文字を取得する方法があるかどうかを質問したいと思いますか?私はDNA文字列を使って作業しており、BioPython SeqIOを使ってFASTAファイルからそれらを取得し、それらをリストに文字列として格納します。次のステップでは、それを数値シーケンス(ゲノムシグナルと呼ばれる)に変換します。しかし、Pythonの初心者として、リストから正しく取得する方法がわかりません。別のデータ型を使用する必要がありますか? MaltabでPython:リスト内の文字列の索引付け

Iが使用:

a=1+1i;c=-1-1i;g=-1+1i;t=1-1i; %base values definition 
for i=1:number of sequences 
    length_of_sequence(i)=length(sequence{1,i}); 
    temp=zeros(1,length_of_sequence(i),'double'); 
    temp(sequence{i}=='A')=angle(a); 
    temp(sequence{i}=='C')=angle(c); 
    temp(sequence{i}=='G')=angle(g); 
    temp(sequence{i}=='T')=angle(t);  
    KontigNumS{i,1}=cumsum(temp); %cumulated phase of whole vector 
end 

のベクトルを作成し、記載の値とゼロを置き換えるもの。 私は同様の質問を見つけることができませんでした。返信ありがとう。

私のpythonコード:

#Dependencies 
from Bio import SeqIO #fasta loading 
import cmath #complex numbers 
import numpy as np 

#Open FASTA file new variable 
lengths=list() 
sequences=list() 
handle=open("F:\GC_Assembler_Python\xx.fasta","r") 
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"): 
    print(record.id) 
    print(len(record.seq)) 
    lengths.append(len(record.seq)) 
    sequences.append(str(record.seq)) 

#Convert to genomic signals 
a=complex(1,1) 
c=complex(-1,-1) 
g=complex(-1,1) 
t=complex(1,-1) 
I stopped here. 
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あなたが望む出力と一緒に話しているリストのサンプルを投稿できるなら、大きな助けになります –

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実際の文字列について話しているなら、これは文字列です "、' variable = list( "Your string goここに ")' – NendoTaka

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そのコードはbiopythonではありませんか? biopythonを使用すると、シーケンスのイテレータを取得し、変換して使用することができます。 SeqIOは文字列ではなくシーケンスクラスを返すので(ほとんどのメソッドは同じですが) – Llopis

答えて

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私はMATLABはそれをしないのか分かりません。 Pythonでは、あなたはリストに変換することなく、文字列の任意の位置にアクセスすることができます。

DNA = "ACGTACGTACGT" 
print(DNA[2]) 
# outputs "G", the third base 

あなたは「リスト内の文字列を」保存したい場合は、この操作を行うことができます。

DNA_list = ["AAAAAA", "CCCCC", "GGGGG", "TTTTT"] 
print(DNA_list[0][0]) 
# outputs "A", the first "A" of the first sequence 
print(DNA_list[1][0]) 
# outputs "C", the first "C" of the second sequence 
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ありがとう!私はこれが私が探していたものだと思います。ええ、シーケンス文字列をリストに格納しています。 – robinj

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あなたが使用している場合あなたは任意の文字列をリストに変換することができます list(The string)

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