リストに格納されている文字列の正確な文字を取得する方法があるかどうかを質問したいと思いますか?私はDNA文字列を使って作業しており、BioPython SeqIOを使ってFASTAファイルからそれらを取得し、それらをリストに文字列として格納します。次のステップでは、それを数値シーケンス(ゲノムシグナルと呼ばれる)に変換します。しかし、Pythonの初心者として、リストから正しく取得する方法がわかりません。別のデータ型を使用する必要がありますか? MaltabでPython:リスト内の文字列の索引付け
Iが使用:
a=1+1i;c=-1-1i;g=-1+1i;t=1-1i; %base values definition
for i=1:number of sequences
length_of_sequence(i)=length(sequence{1,i});
temp=zeros(1,length_of_sequence(i),'double');
temp(sequence{i}=='A')=angle(a);
temp(sequence{i}=='C')=angle(c);
temp(sequence{i}=='G')=angle(g);
temp(sequence{i}=='T')=angle(t);
KontigNumS{i,1}=cumsum(temp); %cumulated phase of whole vector
end
のベクトルを作成し、記載の値とゼロを置き換えるもの。 私は同様の質問を見つけることができませんでした。返信ありがとう。
私のpythonコード:
#Dependencies
from Bio import SeqIO #fasta loading
import cmath #complex numbers
import numpy as np
#Open FASTA file new variable
lengths=list()
sequences=list()
handle=open("F:\GC_Assembler_Python\xx.fasta","r")
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
print(record.id)
print(len(record.seq))
lengths.append(len(record.seq))
sequences.append(str(record.seq))
#Convert to genomic signals
a=complex(1,1)
c=complex(-1,-1)
g=complex(-1,1)
t=complex(1,-1)
I stopped here.
あなたが望む出力と一緒に話しているリストのサンプルを投稿できるなら、大きな助けになります –
実際の文字列について話しているなら、これは文字列です "、' variable = list( "Your string goここに ")' – NendoTaka
そのコードはbiopythonではありませんか? biopythonを使用すると、シーケンスのイテレータを取得し、変換して使用することができます。 SeqIOは文字列ではなくシーケンスクラスを返すので(ほとんどのメソッドは同じですが) – Llopis