foreach（...、.packages = "pkg"）でRパッケージの場所を指定する方法％dopar％

Question

私の "pkg"は別の場所にインストールされていました。

foreach(i = 1:2,.packages="pkg") %dopar% { ... } 

この私に与えてエラーメッセージ：

worker initialization failed: there is no package called 'pkg' 

はあなたの助けをいただき、ありがとうございます。

Answer 1

.libPaths()関数を使用して、実行中のセッションでライブラリパスを設定することができます。

そうでなければ、~/.Renvironなどの起動ファイルは、?Startupを参照してください。

最後に、foreachを使用して別のマシンを実行する場合は、各マシンのライブラリパスを管理する必要があります。

Answer 2

別のアプローチは、あなたがforeachを呼び出す前に、すべての労働者に.libPathsを分配するために、次のようになります。

library(foreach) 
library(doParallel) 

#setup parallel backend to use 8 processors 
cl<-makeCluster(8) 
registerDoParallel(cl) 

# pass libPath to workers, NOTE THIS LINE 
clusterCall(cl, function(x) .libPaths(x), .libPaths()) 

parallelResults <- foreach(i = 1:42, .combine = rbind) %dopar% { 
    # do your stuff 
}