1つのミスマッチがある文字列照合（DNA）

DNAパターンとatm 1のミスマッチが許されています。私はboyer-moore-horspoolアルゴリズムを試しましたが、必要な時間を超えました。テキストとパターンの長さはatmost 100000.Please私はこの問題を解決するために作業を開始することができます非常に高速なアルゴリズムを提案することができます。1つのミスマッチがある文字列照合（DNA）

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2012-04-23 aman_41907

（それらは遺伝学で呼ばれているように、またはK-マー）あなたは正確に入力がにどのようなものがあり – wildplasser

Nグラムを試みることができますあなたは一致するかどうかを示すルーチンがありますか？ –

正確に「1つの不一致と一致する」とは何ですか？文字通り（2つの文字列が異なる1つの位置）であれば、両方の文字列を同時に繰り返して、不一致を数えることができます。カウントが1を超える場合、マッチはありません。 – soulcheck

あなたは距離で、ハミング距離アルゴリズムを試みることができる= 1

http://en.wikipedia.org/wiki/Hamming_distance

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2014-02-05 05:00:06 Hdash

1つのミスマッチがある文字列照合（DNA）

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