Sun Grid Engine使用時にファイルが見つかりません

Question

Sun Grid Engineを使用するクラスタでMatlabを使用してイメージ処理を行っています。私の個人的なラップトップでコードは正常に動作しますが、クラスタ上で実行すると、見つからないファイルのいくつかのエラーが発生します。たとえば、存在する.nii（nifti）ファイル（シェルで対話的にmatlabを実行すると読み込める）が見つかりません。出力ログからの抜粋：

{^HError using load_nii_ext (line 97) 
Cannot find file 
    "/path/imageFile.nii". 

そして、私はまた、（すべては自分のラップトップ上でうまく働いた後処理ツールボックスで読めるように.mps拡張子を持っている必要があります）、XML構造ファイルからエラーが出ます。出力ログから別の抜粋：最初の行は1）ことを私はスクリプトに含めてから取得出力、

if exist(strcat(folder, fileName), 'file') == 2 disp([strcat(folder, fileName) ' exists']) end

だから、それは奇妙だで、この2番目のエラーメッセージで

/path/pointSetFile.mps exists {^HError using readpointsmps (line 24) Failed to read XML file /path/pointSetFile.mps.

私はファイルを見ることができます2）私はmatlabの関数によってMATLAB関数を手動で開くことができます、3）exist()実際には存在しますが、関数xmlread()とが突然見つからない場合。

追加情報：-nodisplay -nodesktop -nosplashというフラグを付けてスクリプトを実行していますが、現在はSGEでスクリプトを2つのタスクとして実行しています。メモリは良い、私はそれを与える5GBのと私のすべての画像を組み合わせて約1.5GBのです。

私はルート/から始まる絶対パスを使用していますが、パス文字は約200回手紙を読んでいて、何が起こっているのか分かりません。

Answer 1

私は今問題を解決しました。

@ Xiangrui Liは、欠落した.niiファイルは、.niiファイルと.nii.gzファイルの解凍、読み取り、削除の妨げに起因するとのコメントを指摘しました。それは確かに問題でした。ありがとう！

2番目の問題は、ファイル名にウムラウトがあることがわかりました。どうやら、システムとmatlab、さらには他のプロセスによってファイル名がどのようにエンコードされるかには違いがあったようです。ウムラウトで文字を削除すると、問題が解決しました。