多くのグラフに特定の形状と色を因子で設定します

Question

私はこの問題に不満を持っています。私は、さまざまな穴の異なる深さの変数を持つ大きなデータセット（小さな部分のみがここに示されています）を持っています。散布図では、一部のサイト（グラフ）にすべての深さからデータポイントがない場合でも、すべてのサイト（グラフ）で各深度の形状と色を同じにしたいと考えています。

より具体的には、図Aは20の深さにデータポイントを持たないが、図Aの「深さ30」を緑の正方形にして、図Bの「深さ30」と一致させたい。図Aに示すように、データセット全体の可能な深度は0,20,30,60,90,120です。グラフの中には、4または5の深さのデータがあります。

どのように私は手動でグラフに示す色/形状を標準化することができますか？ 各サイト（各グラフ）のプレースホルダ深度を追加しようとしましたが、後で適用する線形モデルでエラーが発生します。私はまた、 "scale_shape_manual"と "scale_color_manual"（この回答の指示通り：R manually set shape by factor）を使ってみましたが、グラフ全体で同じ深さのために異なった形とシンボルを得ました。ここで

は私の既存のコードである：ここでは

holes_SO <- read.csv(file = 'holeflux_withsoil_r_for_SO.csv', sep = ",", header = TRUE) 
ro_aue_SO <- subset(holes_SO, holes_SO$field == "ROA") 
ot_slope_SO <- subset(holes_SO, holes_SO$field == "OTS") 

ggplot(data = ro_aue_SO, aes(x = soc_concentration_kg_m3, y = co2_flux_µmol_c_m2_s1, color = factor(depth), shape = factor(depth))) + 
    geom_point(size = 4) + 
    labs(x = "SOC concentration", y = "CO2 Flux") + 
    labs(color="Depth", shape= "Depth") + 
    ggtitle(expression('RO Aue, CO'[2]*'')) + 
    geom_smooth(aes(color = factor(depth)), method=lm, se=FALSE, formula=y~x-1, fullrange = TRUE) 

ggplot(data = ot_slope_SO, aes(x = soc_concentration_kg_m3, y = co2_flux_µmol_c_m2_s1, color = factor(depth), shape = factor(depth))) + 
    geom_point(size = 4) + 
    labs(x = "SOC concentration", y = "CO2 Flux") + 
    labs(color="Depth", shape= "Depth") + 
    ggtitle(expression('OT Slope, CO'[2]*'')) + 
    geom_smooth(aes(color = factor(depth)), method=lm, se=FALSE, formula=y~x-1, fullrange = TRUE) 

は "holes_SO" と呼ばれ、私のデータのdput（）である：

structure(list(sample_id = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 10L, 11L, 
12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 
25L, 26L, 29L, 30L, 31L, 32L, 27L, 28L, 33L, 36L, 37L, 38L, 39L, 
34L, 35L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 40L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 
47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 52L, 53L), .Label = c("OTS1-0", "OTS1-30", 
"OTS1-60", "OTS1-90", "OTS10-0", "OTS10-20", "OTS10-30", "OTS10-60", 
"OTS10-90", "OTS2-0", "OTS3-0", "OTS3-30", "OTS3-60", "OTS3-90", 
"OTS4-0", "OTS5-0", "OTS5-30", "OTS5-60", "OTS5-90", "OTS6-0", 
"OTS7-0", "OTS7-20", "OTS7-30", "OTS7-60", "OTS7-90", "OTS8-0", 
"OTS8-120A", "OTS8-120B", "OTS8-20", "OTS8-30", "OTS8-60", "OTS8-90", 
"OTS9-0", "OTS9-120A", "OTS9-120B", "OTS9-20", "OTS9-30", "OTS9-60", 
"OTS9-90", "ROA1-0", "ROA1-30", "ROA1-60", "ROA1-90", "ROA2-0", 
"ROA2-30", "ROA3-0", "ROA3-30", "ROA3-60", "ROA3-90", "ROA4-0", 
"ROA4-30", "ROA4-60", "ROA4-90"), class = "factor"), site = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("OT", "RO"), class = "factor"), field = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("OTS", "ROA"), class = "factor"), 
    hole_number = c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 5L, 
    5L, 5L, 5L, 6L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 
    8L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L), 
    depth = c(0L, 30L, 60L, 90L, 0L, 0L, 30L, 60L, 90L, 0L, 0L, 
    30L, 60L, 90L, 0L, 0L, 20L, 30L, 60L, 90L, 0L, 20L, 30L, 
    60L, 90L, 120L, 120L, 0L, 20L, 30L, 60L, 90L, 120L, 120L, 
    0L, 20L, 30L, 60L, 90L, 0L, 30L, 60L, 90L, 0L, 30L, 0L, 30L, 
    60L, 90L, 0L, 30L, 60L, 90L), co2_flux_µmol_c_m2_s1 = c(1.710293078, 
    0.30924686, 0.36469938, 0.227477037, 1.254479063, 0.752737414, 
    2.257215969, 11.50282226, 3.566654093, 0.69900321, 1.591361818, 
    13.92149665, 22.73002129, 22.45049, 1.109443533, 7.406644295, 
    7.855618003, 17.78010488, 6.471314337, 5.315970134, 6.347455312, 
    11.54719043, 10.11479135, 11.47752926, 2.805488908, 5.222756475, 
    4.377681384, 7.173613131, 14.51864231, 9.729229653, 4.564367185, 
    10.17710718, 7.70956059, 4.382202183, 3.321182297, 3.858269154, 
    7.542932281, 19.88469738, 10.55216436, 3.572542676, 6.530127468, 
    10.78088543, 12.82422246, 3.093747739, 6.956941294, 3.316715055, 
    8.781949843, 7.684561849, 6.142716566, 2.69743231, 9.67046938, 
    7.018872033, 9.475929618), soc_concentration_kg_m3 = c(16.57, 
    1.28, 1.86, 1.63, 16.88, 16.8, 6.59, 5.7, 1.33, 15, 15.67, 
    3.8, 3.95, 3.95, 17.17, 20.5, 21.1, 4.94, 4.27, 2.43, 14.9, 
    16.52, 4.12, 4.59, 4.59, 4.24, 4.24, 15.36, 15.93, 15.93, 
    7.14, 7.14, 3.87, 3.87, 19.21, 20.24, 6.45, 5, 4.85, 40, 
    7.78, 7.78, 3.6, 41.25, 23, 36.67, 23.04, 12.4, 3.33, 35.71, 
    9.66, 12.31, NA)), .Names = c("sample_id", "site", "field", 
"hole_number", "depth", "co2_flux_µmol_c_m2_s1", "soc_concentration_kg_m3" 
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -53L)) 

私は任意の助けをいただければと思います！

Answer 1

#####と記されている行を追加すると機能します。データフレームを分割する前に因子としてholesを設定すると、2つのサブセットのそれぞれは完全な因子レベルのセットを保持します。 ggplotには、colorとshapeのスケールで未使用の因子レベルを落とさないように指示する必要があります。

holes_SO$depth <- factor(holes_SO$depth) ############### 
ro_aue_SO <- subset(holes_SO, holes_SO$field == "ROA") 
ot_slope_SO <- subset(holes_SO, holes_SO$field == "OTS") 

ggplot(data = ro_aue_SO, aes(x = soc_concentration_kg_m3, y = co2_flux_µmol_c_m2_s1, color = depth, shape = depth)) + 
    geom_point(size = 4) + 
    labs(x = "SOC concentration", y = "CO2 Flux") + 
    labs(color="Depth", shape= "Depth") + 
    scale_color_discrete(drop=FALSE) + ################## 
    scale_shape_discrete(drop=FALSE) + ################## 
    ggtitle(expression('RO Aue, CO'[2]*'')) + 
    geom_smooth(aes(color = depth), method=lm, se=FALSE, formula=y~x-1, fullrange = TRUE) 

ggplot(data = ot_slope_SO, aes(x = soc_concentration_kg_m3, y = co2_flux_µmol_c_m2_s1, color = depth, shape = depth)) + 
    geom_point(size = 4) + 
    labs(x = "SOC concentration", y = "CO2 Flux") + 
    labs(color="Depth", shape= "Depth") + 
    scale_color_discrete(drop=FALSE) + ################### 
    scale_shape_discrete(drop=FALSE) + ################### 
    ggtitle(expression('OT Slope, CO'[2]*'')) + 
    geom_smooth(aes(color = depth), method=lm, se=FALSE, formula=y~x-1, fullrange = TRUE)