トラブルは、私はR.でggplot2を使用して対数スケールでグループ化されたバープロットを作成しようとしている

Question

は、私の目標は、

R.で以下のプロットを再作成することでした

これを生成したプログラムは高解像度のグラフを作成できないためです。数字の範囲は1から1000を超え、その間にはどこでもあるため、ログスケールが必要です。

これは、使用しているコードと同様に、データフレームの簡略化されたバージョンのスニペットです。私はggplot2を使ってプロットを作成することができましたが、私の問題は、データに1を多く持ち、最終的に0としてプロットされ、0は-1として表示されることです。私のRプロットは次のようになります。

genus_counts <- read.table(text = "Genus variable value 
1 Lepisosteus JBGC462  0 
2  Lepomis JBGC462  6 
3 Micropterus JBGC462  2 
4  Perca JBGC462  2 
5 Ictalurus JBGC462  1 
6 Lepisosteus JBGC13 13 
7  Lepomis JBGC13  0 
8 Micropterus JBGC13  0 
9  Perca JBGC13  0 
10 Ictalurus JBGC13  0", header = TRUE) 


ggplot(genus_counts, aes(x=Genus, y=value, fill=variable))+ 
     geom_bar(stat="identity", position="dodge")+ 
     scale_y_log10() 

は数学的には、私はこのような場合は理由を理解（ともバープロット上のログスケールは本当に理想的ではありません）。しかし、私がプロットしようとしているプロットに近い一致を得るためにプロット（または私がプロットに与えている数）を調整できる別の方法はありますか？

Answer 1

代わりにscale_y_sqrt()を使用すると、このように見えますが、これはあなたのサンプルプロットとよく似ています。私は1000の値を持つ行を追加して、1と2のような小さい値と大きな値の両方を見ることができることを示しました。たぶん

Answer 2

問題は基本的に、正の数の棒または0の数の棒が無限に長いという事実に関連しています。

あなたはy軸の軸の範囲を変更すると何が起こるかを参照してください：この場合

genus_counts <- read.table(text = "Genus variable value 
1 Lepisosteus JBGC462  0 
2  Lepomis JBGC462  6 
3 Micropterus JBGC462  2 
4  Perca JBGC462  2 
5 Ictalurus JBGC462  1 
6 Lepisosteus JBGC13 13 
7  Lepomis JBGC13  0 
8 Micropterus JBGC13  0 
9  Perca JBGC13  0 
10 Ictalurus JBGC13  0", header = TRUE) 


ggplot(genus_counts, aes(x=Genus, y=value, fill=variable))+ 
    geom_bar(stat="identity", position="dodge")+ 
    scale_y_log10(limits = c(0.1, 15)) 

、バーが負にかなり長い道のりを行きます。しかし、我々ははるかに先に進むことができ、待つ：基準点が1である場合は、1に対する相対値の変化を見ることができるように対数スケールで

ggplot(genus_counts, aes(x=Genus, y=value, fill=variable))+ 
    geom_bar(stat="identity", position="dodge")+ 
    scale_y_log10(limits = c(1e-100, 15)) 

バープロットは、理にかなっています数字は<であり、1が下降するバーとして示されている。 ggplot2はこれを正しく処理します。基準点を0にしようとすると、すべての棒が無限に長くなり、適切な軸範囲を選ぶことができなくなります。

例として示すグラフは、y軸上に1の位置に0が置かれている点で、間違っています。値0は、そのプロットでは表示されず、すべてのバーの長さは誤解を招きます。

最後に、誰かが平方根を述べました。バーの長さが混乱しているので、私は、どちらかのこのソリューションの大ファンではないんだ

ggplot(genus_counts, aes(x=Genus, y=value, fill=variable))+ 
    geom_bar(stat="identity", position="dodge")+ 
    scale_y_sqrt(limits = c(0, 15), breaks = (0:4)^2) 

：それは無限に長い棒の問題を回避します。値6に対応するバーが、値1に対応するバーの約2.5倍であることに注目してください。私たちの脳は、バーの相対的な長さにそのようなバーとラッチを誤って解釈します。軸。