ペアt検定ではNAの結果は得られません

Question

ペアt検定を使用した3つの実験の測定値を比較しています。

dat <- read.table(text='sample G1 G2 G3 
S1 0.002458717 0.01045769 0.003770503 
S2 0.010009784 0.02465088 0.011505804 
S3 NA   NA   0.006403423 
S1 0.003458717 0.01145769 0.004770503 
S2 0.011009784 0.02565088 0.012505804 
S3 NA   NA   0.007403423 
S1 0.001458717 0.00945769 0.002770503 
S2 0.009009784 0.02365088 0.010505804 
S3 NA   NA   0.0054034232', header=TRUE) 

注G1/2/3が独立した測定ではなく、試験された異なる遺伝子を表している：いくつかの値が（あるNA）

データが欠落している場合 しかし、私は結果を取得していない午前。彼らは関連しておらず、それぞれのGは自分自身のために必要です。

t.test：

sig<-lapply(dat[-1], function(x) 
    pairwise.t.test(x, dat$sample, 
        p.adjust.method = "BH")) 



> sig 
    $G1 

     Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 

    data: x and dat$sample 

     S1 S2 
    S2 - - 
    S3 - - 

    P value adjustment method: BH 

    $G2 

     Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 

    data: x and dat$sample 

     S1 S2 
    S2 - - 
    S3 - - 

    P value adjustment method: BH 

    $G3 

     Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 

    data: x and dat$sample 

     S1  S2  
    S2 0.00024 -  
    S3 0.01803 0.00117 

P value adjustment method: BH 

値が欠落しているようにG1/2用のS1/2とS3の間には比較は、存在しない理由を私は理解しています。しかし、S1とS2を比較した結果がないのはなぜですか？

ありがとうございました！

Answer 1

pairwise.t.testの場合、応答とグループ化ベクトルが必要です。問題はデータ形式であり、NAでは発生しません。それに応じて、datのデータを変換するだけで済みます（詳細は?pairwise.t.testを参照してください）。 NA sは自動的に（デフォルトで）は省略されること

# Convert wide to long dataframe, then select values 
val <- stack(dat, select = -sample)$values; 

# Sample labels (the grouping vector) 
grp <- rep(dat$sample, 3); 


pairwise.t.test(val, grp, p.adjust.method = "BH"); 
#  
#  Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 
#  
#data: val and grp 
# 
# S1  S2 
#S2 0.0031 - 
#S3 0.8160 0.0319 

注：ここ

は、基地R関数stackを使用して1つの方法です。