fastaの最初のORFのみを検索して表示する

Question

各フレームの最初のstart_codonを見つける方法。下のコードで、私はすべてstart_codonの位置を与えています。

DNA = "ACCACACACCATATAATGATATATAGGAAATG" 

print(DNA.find("ATG")) 

プリントアウト15を、インデックス付けていることに注意してください：あなたはDNAの文字列を持っていて、「ATG」は、配列の最初の発生を検索したい場合は

from Bio.SeqRecord import SeqRecord 
from Bio import SeqIO 
def test(seq, start, stop): 
    start = ["ATG"] 
    start_codon_index = 0 
    for frame in range(0,3): 
     for i in range(frame, len(seq), 3): 
      current_codon = seq[i:i+3]        
      if current_codon in start: 
       start_codons.append(start_codon_index) 
    return start_codons 

f = open("a.fa","r") 
start = ["ATG"] 
for record in SeqIO.parse(f,"fasta"): 
    seq=record.seq 
    name=record.id 
    start_codons=test(seq, start, stop) 
    print name, start_codons 

Answer 1

、最も簡単なだけで行うことです場合は0

からのpythonを開始するにはあなたにもヌクレオチドトリプレットを考えてみます。

DNA = "ACCACACACCATATAATGATATATAGGAAATG" 
for i in range(0, len(DNA), 3): 
    if DNA[i:i+3] == "ATG": 
     print(i) 
     break 

15も返します。