igraphにモチーフをプロットする方法は？

Question

私は、タンパク質 - タンパク質相互作用ネットワークでモチーフを得るためにigraphパッケージを使用しています。ベクター出力を持っていますが、モチーフのプロットやモチーフの描画が必要です。 Rで

コード：

motifs(graph_object, size = 3) 

出力：

1 NA NA 5 3

どのように私はRとIGRAPHにおけるモチーフのプロットを取得するには？ここに4つのモチーフがありますか？

注：この質問はからすべてのマッピングを見つけるためにsubgraph_isomorphismsを使用し、その後、あなたは「テンプレートグラフ」（例えば、三角形のグラフを作成する）として検索するモチーフを構築How to mine for motifs in R with iGraph

Answer 1

異なっていますタンパク質 - タンパク質相互作用ネットワークの頂点からのテンプレートグラフの頂点、induced_subgraphとlapplyを組み合わせることでマッピングのリストを実際のモチーフに変換します。例：

> pattern <- graph.full(3) 
> my.graph <- grg.game(100, 0.2)  # just an example graph, use yours 
> iso <- subgraph_isomorphisms(pattern, my.graph)  # takes a while 
> motifs <- lapply(iso, function (x) { induced_subgraph(my.graph, x) }) 

motifsは、グラフのリストになり、そして、あなたは彼らにplot()を使って一つ一つをプロットすることができます。