2012-04-30 10 views
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アプリケーションは2つのソートされた整数リスト(交差点を設定)、たとえばlist1とlist2を交差させることです。CUDAを使用したバイナリ検索の分岐の分岐を減らす方法

list1の各要素にはGPUスレッドが割り当てられ、リスト2に表示されているかどうかを確認するためにバイナリ検索が行われます。このアプリケーションでは、スレッドの発散が膨大になることは容易にわかります。私はスレッドの発散を減らすための良いアプローチがあるのだろうかと思います。私はこのアプリケーションを実装するためにCUDAを使用しています。

私はP-ary検索と呼ばれるアプローチがあることを知っていますが、私の仕事はバイナリ検索のスレッドの相違を減らすことです。また推力と呼ばれる図書館があることは知っていますが、発散を減らそうとする試みはないようです。

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はどのくらいの大きさのセットです範囲メモリからアクセスすることにより、例外を発生させることができ整数?発散では、長さ 'n'の2つのリストをマージすると' O(n) 'の比較が行われます。それぞれの相違は相違します。私はあなたが多くの相違を持っていることを受け入れなければならないと思って、それらを短くしてください。 (より大きな問題は、メモリのブロックを並列にロードすることです) – btilly

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私は同意します - メモリアクセスは発散の大きな問題です。バイナリサーチのステップと終了という2つの発散源があります。それらのスレッドはとにかく実行されるので、終了についてはあまり気にしません。ループのバイナリステップはif/elseだけをインデックスとして更新します。それよりはるかに悪いのは、あなたが2番目のリストのどこからでも読んでいるという事実です。私は最初に両方のリストをソートすると少し助けるかもしれないと思います。 –

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duh。ソートlist1。 –

答えて

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両方のリストがソートされている場合、バイナリ検索は実行可能な最良のアルゴリズムではありません。バイナリ検索ではO(n lg n)と表示されますが、交差点を取るだけでマージのようなアルゴリズムを実行すると、O(n)となります。

これは、GPUを使用するための愚かなアルゴリズムです。私が見る唯一のケースは、GPUでデータを生成したばかりです。その場合は、問題を小さな束の束に分割し、それぞれにスレッドを割り当てる必要があります。

これを実行するには、kの等間隔のlist1要素を選択し、list2でバイナリ検索を使用して検索します。同様に、リスト2の等間隔の要素をkと指定し、list1でそれらを見つけます。それぞれのリストには2kの範囲があり、各範囲には最大でN/kの要素があります。これらの範囲を並行して交差させます。 (あなたが欲しいスレッドの数の半分であることをkを設定してください。)

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なぜ最初のリストの2番目のリストから検索しますか? –

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各サブリストに最大N/k個の要素が含まれていることを確認します。 1つのリストから分割点を選択した場合、別のリストの部分範囲が大きすぎる可能性があります。 –

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でとりうるコード:

bool end = false; 
    bool found = false; 

    while(!end && !found) 
    { 
      int diff  = max-min; 
      int middle  = min + (diff/2); 

      end    = diff < 1; 
      found   = element[middle] == element; 
      if (index < elements[middle]) 
        max = middle-1; 
      else //(index > elements[middle+1]) 
        min = middle + 2; 
    } 
    return found; 

警告:このコードは