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knitrとmarkdownパッケージを使用してRmdファイルをmarkdownに織り込むと、最終的なhtmlファイルにggplot2グラフが表示されるという予期しない動作が発生します。以下RMDファイルを使用して例えばマークダウンからknitrを使用した後のグラフの微妙な変更
は、このファイルを
# ggplot2 graph shows up fainter, and text smaller
```{r echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
opts_chunk$set(fig.width=18, fig.height=10)
require(ggplot2)
```
***
# Simple Plot
```{r echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
data(diamonds)
g <- ggplot(diamonds, aes(carat, depth, colour=color)) + geom_point() + facet_wrap(~cut)
g
```
をdiamond.Rmd私はhtmlファイルにプロットのscreeenshotを取られ、含めました
require(markdown)
require(knitr)
knit('diamonds.Rmd')
markdownToHTML('diamonds.md', 'diamonds.html', options=c('base64_images'))
browseURL(paste('file://', file.path(getwd(), 'diamonds.html'), sep=''))
knit.R下のそれ（これを表示するには良い方法はありますか？）：
htmlファイル内のプロットは明るくなります。つまり、色は暗くなりません。 また、軸ラベルと目盛りラベルを含むプロットのテキストは小さく、軽く、読みにくいものになっています。
Rから直接作成したプロットを見ると、そのような問題はないことがわかります。
私はこれが私のグラフィックデバイスまたはknitrが使用しているグラフィックスデバイスといくつかの問題です推測しています。
最終的にhtmlファイルに終わるプロットを強制的に元のプロットの外観に保つ方法がありますか？つまり、暗くなり、テキストが大きくなりますか？
ありがとうございます。私も同じ問題を抱えています.HTML形式のRStudioでRmarkdown/kintrで生成されたggplot2グラフの品質は、通常のpdfまたはpngデバイスに比べて非常に悪いです。 device = "png"/"pdf"オプションを使用すると、これらのプロットは図形と呼ばれる新しいフォルダに保存されますが、品質も悪くなります。 –
問題は指定した幅と高さです。 'fig.width = 7'と' fig.height = 7'を使うとデフォルトであるのでコンソールと同じ結果が得られます。 'dpi'オプションを使ってピクセルサイズを制御できますが、最終的なサイズはdpi x widthになるので注意してください。 – Ramnath
同じ図形サイズを保持したいがピクセルサイズが大きい場合は、 'fig.width = 9'、' fig.height = 5'と 'dpi = 144'（デフォルトのdpiは72です）を使用してください。これにより同じサイズのプロットが得られますが、ピクセルとテキストが大きくなります。 – Ramnath