seaborn(v.0.7.0)を使用してヒートマップをプロットしています。ここに私のコードは次のとおりです。Pandas Dataframeでseaborn clustermapに注釈を付ける
Updated code after fixing the problem
### Get Data
sns.set(style="white")
adata = pd.read_csv("Test.txt", sep="\t",index_col=0)
adata_log = np.log2(adata)
e = adata.iloc[0:7,0:3]
e_log = adata_log.iloc[0:7,0:3]
#### Set up the matplotlib figure
f, ax = plt.subplots(figsize=(11, 9))
#### Set color
hmcol = ["#ffffff","#ffffff","#fbe576","#c06e36","#9a2651"]
cmap = sns.blend_palette(hmcol,as_cmap=True)
#### Plot clustermap
sns.set(font_scale=0.8) ## 0.8 for normal use
aplot = sns.clustermap(e_log,cmap=cmap,method='average', metric='euclidean',standard_scale=None,row_cluster=False,col_cluster=False,row_linkage=None,col_linkage=None,linewidths=.05,square=True,annot=e,annot_kws={"size": 15},fmt='.2f')
aplot.cax.set_visible(False) #remove color bar
plt.setp(aplot.ax_heatmap.xaxis.get_majorticklabels(), rotation=90) ## Y-Axis label rotations
plt.setp(aplot.ax_heatmap.yaxis.get_majorticklabels(), rotation=0) ## X-Axis label rotations
##Save Figure
aplot.savefig(“Test-Fig1.0.pdf",orientation='potrait',dpi=600)
は、私が注釈としてデータフレーム「E」の値を使用することができる方法はありますか?私はclustermapで
annot=e
を試してみましたが、そのは私にエラーを与える:
ValueError: The truth value of a DataFrame is ambiguous. Use a.empty, a.bool(), a.item(), a.any() or a.all().
また、それはとにかく私は風景モードでの姿をそこにプロット?注釈の問題を解決v0.7.1に
print(e)
X Y Z
A 100.72 90.20 13.58
B 160.98 162.24 12.85
C 6.76 8.03 0.66
D 241.49 277.89 29.43
E 156.78 145.54 30.72
F 6.09 5.96 0.93
G 4.57 1.16 0.74