autoplot（）+ scale_color_manual（）関数を使用している凡例のレベルがありません

Question

私は3つの異なるベッドファイルを作成しようとしています（1つはSNPデータ、もう1つは削除済み、もう1つは複製データ）。私が同じファイルにデータをまとめていない限り、3つのレイヤの値を含む伝説です。 3つのファイルを1つにまとめることの問題は、変数のレベルごとにylimsを設定できないことです。

これは私の入力ファイル（SNP情報を含むも​​の）のうちの一つの例である：

chr10 47000019 47000019 rs150696937 2 + 
chr11 1017064 1017064 NA 2 + 
chr11 1017280 1017280 rs199539548 2 + 
chr11 1017294 1017294 NA 2 + 
chr11 1017756 1017756 NA 2 + 
chr13 31898038 31898038 rs200460848 2 + 
chr13 40298639 40298639 NA 2 + 
chr13 48996928 48996928 rs530812916 2 + 
chr13 50204777 50204777 rs117251022 2 + 
chr14 20216005 20216005 rs566685404 2 + 
chr14 20404076 20404076 rs114526346 2 + 
chr21 10944668 10944668 rs138088406 2 + 

私は私がでプロットしたいバリアント型の種類を指定するには、スコアの列を使用しています次のようになります。 "1" =削除。 "2" = SNP、 "3" =重複。

## Load libraries and required databases 
library(ggbio) 
data(hg19IdeogramCyto, package = "biovizBase") 

library(GenomicRanges) 
hg19 <- keepSeqlevels(hg19IdeogramCyto, paste0("chr", c(1:22, "X", "Y"))) 

biovizBase::isIdeogram(hg19) 

data("hg19IdeogramCyto", package = "biovizBase") 

data("hg19Ideogram", package = "biovizBase") 

私はこのウェブサイトで入手可能なBed2GRanges機能を使用します：グランジオブジェクトに私のベッドのファイルを変換するhttp://davetang.org/muse/2015/02/04/bed-granges/を

これらは、私が使用しているライブラリです。

# Required Bed2GRanges function 

# BED to GRanges 
# 
# This function loads a BED-like file and stores it as a GRanges object. 
# The tab-delimited file must be ordered as 'chr', 'start', 'end', 'id', 'score', 'strand'. 
# The minimal BED file must have the 'chr', 'start', 'end' columns. 
# Any columns after the strand column are ignored. 
# 
# @param file Location of your file 
# @keywords BED GRanges 
# @export 
# @examples 
# bed_to_granges('my_bed_file.bed') 

bed_to_granges <- function(file){ 
     df <- read.table(file, 
         header=F, 
         stringsAsFactors=F) 

     if(length(df) > 6){ 
       df <- df[,-c(7:length(df))] 
     } 

     if(length(df)<3){ 
       stop("File has less than 3 columns") 
     } 

     header <- c('chr','start','end','id','score','strand') 
     names(df) <- header[1:length(names(df))] 

     if('strand' %in% colnames(df)){ 
       df$strand <- gsub(pattern="[^+-]+", replacement = '*', x = df$strand) 
     } 

     library("GenomicRanges") 

     if(length(df)==3){ 
       gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end))) 
     } else if (length(df)==4){ 
       gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end), id=id)) 
     } else if (length(df)==5){ 
       gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end), id=id, score=as.character(score))) 
     } else if (length(df)==6){ 
       gr <- with(df, GRanges(chr, IRanges(start, end), id=id, score=as.character(score), strand=strand)) 
     } 
     return(gr) 
} 

私は私のbedfileをインポートします。

## Import bed files as GRanges file 
SNP <- bed_to_granges("SNPs.bed") 
seqlengths(SNP) <- seqlengths(hg19Ideogram)[names(seqlengths(SNP))] 
SNP_dn <- keepSeqlevels(SNP, paste0("chr", c(1:22, "X", "Y"))) 

私は私のデータをプロット：

#Plotting SNP_dn according to score column 
test <- autoplot(SNP_dn, aes(color = score)) + 
     scale_color_manual("Variant type", 
          values = score <- c("black", "red", "blue"), 
          breaks = c("2","1","3"), 
          drop = FALSE, 
          labels = c("SNP", "Deletion", "Duplication")) + 
     theme(legend.position = "right") 

test 

私はオプションdrop = FALSEを指定するにもかかわらず、私は常にレベル "削除" と「重複を欠場します"伝説の中で。

私は数日間この問題に苦労していますが、解決方法を理解することはできません。

scale_color_manual（）関数で指定した3つのレベル（つまり、「SNP」、「削除」、「複製」）を含む凡例は、ベッドファイル。

R version 3.3.1 (2016-06-21) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1 

locale: 
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C       
[5] LC_TIME=English_United States.1252  

attached base packages: 
[1] stats4 parallel stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] biovizBase_1.20.0 ggbio_1.20.2   GenomicRanges_1.24.3 GenomeInfoDb_1.8.7 IRanges_2.6.1  
[6] S4Vectors_0.10.3  ggplot2_2.1.0  BiocGenerics_0.18.0 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] Rcpp_0.12.7     lattice_0.20-34    Rsamtools_1.24.0    
[4] Biostrings_2.40.2    digest_0.6.10     mime_0.5      
[7] R6_2.1.3      plyr_1.8.4     chron_2.3-47     
[10] acepack_1.3-3.3    RSQLite_1.0.0     BiocInstaller_1.22.3   
[13] httr_1.2.1     zlibbioc_1.18.0    GenomicFeatures_1.24.5  
[16] data.table_1.9.6    rpart_4.1-10     Matrix_1.2-7.1    
[19] labeling_0.3     splines_3.3.1     BiocParallel_1.6.6   
[22] AnnotationHub_2.4.2   stringr_1.1.0     foreign_0.8-67    
[25] RCurl_1.95-4.8    biomaRt_2.28.0    munsell_0.4.3    
[28] shiny_0.14     httpuv_1.3.3     rtracklayer_1.32.2   
[31] htmltools_0.3.5    nnet_7.3-12     SummarizedExperiment_1.2.3 
[34] gridExtra_2.2.1    interactiveDisplayBase_1.10.3 Hmisc_3.17-4     
[37] XML_3.98-1.4     reshape_0.8.5     GenomicAlignments_1.8.4  
[40] bitops_1.0-6     RBGL_1.48.1     grid_3.3.1     
[43] xtable_1.8-2     GGally_1.2.0     gtable_0.2.0     
[46] DBI_0.5-1      magrittr_1.5     scales_0.4.0     
[49] graph_1.50.0     stringi_1.1.1     XVector_0.12.1    
[52] reshape2_1.4.1    latticeExtra_0.6-28   Formula_1.2-1    
[55] RColorBrewer_1.1-2   ensembldb_1.4.7    tools_3.3.1     
[58] dichromat_2.0-0    OrganismDbi_1.14.1   BSgenome_1.40.1    
[61] Biobase_2.32.0    survival_2.39-5    AnnotationDbi_1.34.4   
[64] colorspace_1.2-6    cluster_2.0.4     VariantAnnotation_1.18.7  

は

ベスト、

Answer 1

一つのオプションは、あなたの要因は、あなたがプロットしたいすべてのレベルが含まれていることを確認することです、ありがとうございました。これにより、drop = FALSEが有効になります。

factorとlevels引数でこれを行うことができます。例えば、私はmtcarsにレベル5を追加したい場合:: CYL：

mtcars$cyl = factor(mtcars$cyl, levels = c("4", "5", "6", "8")) 

別のオプションは、scale_color_manualにlimitsでbreaksを交換することです。このアプローチは、データ内の実際の因子レベルに依存しません（drop = FALSEは何もしません）。

scale_color_manual("Variant type", 
       values = c("black", "red", "blue"), 
       limits = c("2","1","3"), 
       labels = c("SNP", "Deletion", "Duplication"))