NetworkX - ノードと属性からグラフを作成する

Question

ノードと属性が与えられたnetworkXを使用してネットワークグラフを作成しようとしています。各ノードは一意ですが、他のノードと一致する属性を持つことができます。これらの属性は、すべて同じ属性を持つノード間のエッジとして機能します。

入力（ノードおよび属性）の例

Name1 2-s2.0-84905590088, 2-s2.0-84901477890 
Name2 2-s2.0-84941169876 
Name3 2-s2.0-84958012773 
Name4 2-s2.0-84960796474 
Name5 2-s2.0-84945302996, 2-s2.0-84953281823, 2-s2.0-84944268402, 2-s2.0-84949478621, 2-s2.0-84947281259, 2-s2.0-84947759580, 2-s2.0-84945265895, 2-s2.0-84945247800, 2-s2.0-84946541351, 2-s2.0-84946051072, 2-s2.0-84942573284, 2-s2.0-84942280140, 2-s2.0-84937715425, 2-s2.0-84943751990, 2-s2.0-84957729558, 2-s2.0-84938844501, 2-s2.0-84934761065 
Name6 2-s2.0-84908333808 
Name7 2-s2.0-84925879816 
Name8 2-s2.0-84940447040, 2-s2.0-84949534001 
Name9 2-s2.0-84899915556, 2-s2.0-84922392381, 2-s2.0-84905079505, 2-s2.0-84940931972, 2-s2.0-84893682063, 2-s2.0-84954285577, 2-s2.0-84934934228, 2-s2.0-84926624187 
Name10 2-s2.0-84907065810 

のでName5は、同じ識別子を持つ他の名前まで接続されたエッジの多くを有するであろう。

これがnetworkXの背後にある正しいアイデアであるのか、この種類の入力をグラフに使用することすらできないのか分かりません。この方法では達成できない場合は、このグラフを作成するために入力をどのようにフォーマットしますか？私はこの方法でnetworkXを使用している場合、ドキュメントやビデオを見つけることができませんでした。

Answer 1

お願いします。あなたのデータをcsvファイルに保存しました。ノード名の後に,を追加し、空白をすべて削除しました。

Name1,2-s2.0-84905590088,2-s2.0-84901477890 
Name2,2-s2.0-84941169876 
Name3,2-s2.0-84958012773 
Name4,2-s2.0-84960796474 
Name5,2-s2.0-84945302996,2-s2.0-84953281823,2-s2.0-84944268402,2-s2.0-84949478621,2-s2.0-84947281259,2-s2.0-84947759580,2-s2.0-84945265895,2-s2.0-84945247800,2-s2.0-84946541351,2-s2.0-84946051072,2-s2.0-84942573284,2-s2.0-84942280140,2-s2.0-84937715425,2-s2.0-84943751990,2-s2.0-84957729558,2-s2.0-84938844501,2-s2.0-84934761065 
Name6,2-s2.0-84908333808 
Name7,2-s2.0-84925879816 
Name8,2-s2.0-84940447040,2-s2.0-84949534001 
Name9,2-s2.0-84899915556,2-s2.0-84922392381,2-s2.0-84905079505,2-s2.0-84940931972,2-s2.0-84893682063,2-s2.0-84954285577,2-s2.0-84934934228,2-s2.0-84926624187 
Name10,2-s2.0-84907065810 

一つの観察：あなたはName5は、エッジがたくさんあるだろうが、その属性が一意であることを言います。さらに、データでコードを実行すると、すべての属性が一意であるため、グラフにエッジがありません。

私は各属性の最初の12文字（私はそれを行new_attributes = [x[:12] for x in new_attributes]で行う）だけを使用するようにデータをtweekしました。そうすれば、いくつかの一致する属性が得られます。今

コード：各CSV行の

import networkx as nx 
import csv 

G = nx.Graph() 

with open('data.csv') as csvfile: 
     csv_reader = csv.reader(csvfile, delimiter=',') 
     for row in csv_reader: 

      new_node = row[0] # first element in row 
      new_attributes = row[1:] # whole row except the first element 
      new_attributes = [x[:12] for x in new_attributes] # remove this for your data! 
      # add the node and its attributes to the graph 
      G.add_node(new_node, my_attributes=new_attributes) # attributes are stored as a list 

      # add edges based on existing nodes 
      for node, attrs in G.nodes(data=True): 
       # skip node we just added 
       if node != new_node: 
        for attr in attrs['my_attributes']: 
         # check if any of the attributes for `node` are also in the `new_attributes` list 
         if attr in new_attributes: 
          G.add_edge(node, new_node) 

for edge in G.edges(): 
    print('EDGE:', edge, '| COMMON ATTRIBUTES:', set(G.node[edge[0]]['my_attributes']) & set(G.node[edge[1]]['my_attributes'])) 

Iグラフに（その属性を持つ）ノードを追加し、現在のグラフのノード（およびその属性）に基づいて、Iは、エッジを追加します。 ノードの属性はリストに格納されており、my_attributesキーでアクセスできます。 最後に、特定のエッジのノードの一致する属性でエッジを印刷します（私はsetと&を使用して2つの属性リストの共通部分を取得します）。 tweekedデータの

出力：

EDGE: ('Name5', 'Name9') | COMMON ATTRIBUTES: {'2-s2.0-84934'} 
EDGE: ('Name5', 'Name8') | COMMON ATTRIBUTES: {'2-s2.0-84949'} 
EDGE: ('Name8', 'Name9') | COMMON ATTRIBUTES: {'2-s2.0-84940'} 
EDGE: ('Name1', 'Name9') | COMMON ATTRIBUTES: {'2-s2.0-84905'} 

最後の注意：あなたは2つのノード間の複数のエッジを持っている必要がある場合はMultiGraphを使用しています。