40,000行以上の大きなデータファイルがあります。これは、ログ入力のリストだし、このようなビットに見える：特定の行のAデータファイルを読み込む方法
D 20160602 14:15:43.559 F7982D62 Req Agr:131 Mra:0 Exp:0 Mxr:0 Mnr:0 Mxd:0 Mnd:0 Nro:0
D 20160602 14:15:43.559 F7982D62 Set Agr:130 Mra:0 Exp:0 Mxr:0 Mnr:0 Mxd:0 Mnd:0 Nro:0 I 20160602 14:15:43.559 F7982D62 GET 156.145.15.85:36773 xqixh8sl AES "/pcgc/public/Other/exome/fastq/PCGC0065109_HS_EX__1-04692__v3_FCAD2HMUACXX_L4_p1of1_P2.fastq.gz" ""
M 20160602 14:15:43.595 DOC1: F7982D62 Request for unencrypted meta data on encrypted transaction
M 20160602 14:15:48.353 DOC1: F7982D62 Transaction has been acknowledged at 722875647
F 20160602 14:15:48.398 F7982D62 GET 156.145.15.85:36773 xqixh8sl AES "/pcgc/public/Other/exome/fastq/PCGC0065109_HS_EX__1-04692__v3_FCAD2HMUACXX_L4_p1of1_P2.fastq.gz" "" 50725464 (4,32) "Remote Application: Session Aborted: Aborted by user interrupt"
M 20160602 14:15:48.780 DOC1: F7982D63 New download request D 20160602 14:15:48.780 F7982D63 META: 134 Path: /pcgc/public/CTD/exome/fastq/PCGC0033175_HS_EX__1-00304-01__v1_FCBC0RE4ACXX_L3_p32of96_P2.fastq.gz user: xqixh8sl pack: arg: feat: cE,s
それはとても大きいですので、私はメモリに全体の事を読みたくありません。
F 20160602 14:25:11.321 F7982D50 GET 156.145.15.85:37525 xqixh8sl AES "/pcgc/public/Other/exome/fastq/PCGC0077248_HS_EX__1-06808__v3_FCC49HJACXX_L7_p1of1_P1.fastq.gz" "" 3322771022 (0,0) "1499.61 seconds (17.7 megabits/sec)"
私は無視することができる他のすべて：私はこれだけのように、ライン識別子「F」で始まる行を必要とすると、（0、0）の誤差を持っています。私の問題は次のとおりです。このファイルを1行ずつ読み込み、その行をインポートする必要があるかどうかを評価する方法が必要です。現在、forループを使用して各行を実行しており、readLines()機能を使用しています。
library(stringr)
con <- file("dataSet.txt", open = "r")
Fdata <- data.frame
i <- 1
j <- 1
lineLength <- length(readLines(con))
for (i in 1:lineLength){
line <- readLines("dataSet.txt", 1)
if (str_sub(line, 1, 1) == 'F' && grepl("\\(0\\,0\\)", line)[i]){
print(line)
Fdata[j,] <- rbind(line)
i <- i + 1
j <- j + 1
}
i <- i + 1
}
print(Fdata)
これはうまく動作しますが、それは私に欲しいものではありません。それは、ファイルの最初の行を何度も何度も印刷し続けます。私はそれが私がラインを必要とするかどうかを評価するために取得することができ、そしてどのように私はそれを正しく保存することができますどのように
[1] "C 20160525 05:27:47.915 Rotated log file: /var/log/servedat-201605250527.log"
[1] "C 20160525 05:27:47.915 Rotated log file: /var/log/servedat-201605250527.log"
[1] "C 20160525 05:27:47.915 Rotated log file: /var/log/servedat-201605250527.log"
[1] "C 20160525 05:27:47.915 Rotated log file: /var/log/servedat-201605250527.log"
（ベクトル、データフレーム、マトリクスとして、それは本当に問題ではありません）私はできるように、 forループの外側に出力しますか？
UPDATE
私はこれに私のコードを変更しました：
library(stringr)
con <- file("dataSet.txt", open = "r")
Fdata <- data.frame
i <- 1
j <- 1
lineLength <- length(readLines(con))
for (i in 1:lineLength){
line <- readLines(con, 1)
print(line)
if (str_sub(line, 1, 1) == 'F' && grepl("\\(0\\,0\\)", line)[i]){
print(line)
Fdata[j,] <- rbind(line)
i <- i + 1
j <- j + 1
}
i <- i + 1
}
print(Fdata)
をしかし、私はそれが空であることを述べている行に格納されている値をチェックするとき。それがなぜ変わったのか分かりません。さらに、if文にはTRUE/FALSEという適切な条件がないため、grepl（）がTRUE/FALSEの値を返さなければならないため、私も混乱します。
UPDATE
私はエラーを取り除くために管理し、私はFDATAを呼び出すとき、私はまだ何も届きません。私は自分の変数をチェックし、Rは行が空で文字がないと言った。私はそれを間違って割り当てましたか？私は、データファイルを解析していて、それを保存する必要があるかどうかを評価する行になるようにしたい。
con <- file("test1.txt", "r")
lines <- c()
while(TRUE) {
line = readLines(con, 1)
if(length(line) == 0) break
else if(grepl("^\\s*F{1}", line) && grepl("(0,0)", line, fixed = TRUE)) lines <- c(lines, line)
}
lines
# [1] "F 20160602 14:25:11.321 F7982D50 GET 156.145.15.85:37525 xqixh8sl AES \"/pcgc/public/Other/exome/fastq/PCGC0077248_HS_EX__1-06808__v3_FCC49HJACXX_L7_p1of1_P1.fastq.gz\" \"\" 3322771022 (0,0) \"1499.61 seconds (17.7 megabits/sec)\""
はそれが行ずつそれを読むことができるようにreadLinesにファイルストリームを渡します。この
library(stringr)
con <- file("dataSet.txt", open = "r")
Fdata <- data.frame
i <- 1
j <- 1
lineLength <- length(readLines("dataSet.txt))
for (i in 1:lineLength){
line <- readLines(con, 1)
print(line)
if (str_sub(line, 1, 1) == 'F' && grepl("\\(0\\,0\\)", line)){
print(line)
Fdata[j,] <- rbind(line)
i <- i + 1
j <- j + 1
}
i <- i + 1
}
print(Fdata)
文字列で指定するのではなく、ファイル接続を 'readLines'に渡す必要があります。 forループの最初の行を 'line < - readLines（con、1）'に変更して、ここで問題を解決する必要があります。 – Psidom
また、コンマをエスケープする必要はないと思います。 'grepl（" \\（0,0 \\）、line） '。 – Psidom
あなたが持っている問題は、 grepが長さ1のベクトルを返す間に 'i'は大量になる可能性があります。' [i] 'を削除してください。 – Psidom