2017-09-01 5 views
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私は与えられたKEGG化合物のInChI表現を検索したいと思いますが、私はこれに直接的な解決策を見つけることができません。KEGG化合物のInChIキーの取得方法は?

一つは、このようChEBI経由でそれを行うことができます:

NCCCC[[email protected]](N)C(O)=O 
InChI=1S/C6H14N2O2/c7-4-2-1-3-5(8)6(9)10/h5H,1-4,7-8H2,(H,9,10)/t5-/m0/s1 
KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 

を出力します

from bioservices import * 

kegg_con = KEGG() 

kegg_entry = kegg_con.parse(kegg_con.get('C00047')) 

chebi_con = ChEBI() 

chebi_entry = chebi_con.getCompleteEntity('CHEBI:' + kegg_entry['DBLINKS']['ChEBI']) 

print chebi_entry.smiles 
print chebi_entry.inchi 
print chebi_entry.inchiKey 

ChEBIを経由して行くことを必要としない直接的な方法はありますか?

答えて

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私は、KEGGサービスで直接行うことができる機能に気付いていません。あなたのソリューション(ChEBIなどを使用)は正しいものだと思います。 unichem、chemspiderなどの便利なサービスがあるかもしれません(しかし、ログインする必要があります)。 (免責事項:私はバイオサービシズの主著者です)

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ありがとうございます。はい、私は別の目的のためにchemspiderを使用します([この質問/回答](https://stackoverflow.com/questions/45996962/how-to-interconvert-inchi-and-inchikey)参照))。それはうまくいくかも... – Cleb

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