シーケンス内のパターンを見つけるためのRプログラム

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私はRに疑問があります。シーケンス内のさまざまなパターンを見つけるためにstr_locate_all（seq、pattern）構文を使用しました。今、私は各パターンを数えたいのですが、シーケンス中の各パターンの繰り返しを数える方法を教えてもらえますか？シーケンス内のパターンを見つけるためのRプログラム

出典

2016-07-09 shrinirajesh

を使用することができますこれは参考になります達成し、望ましい出力を達成する。例えば、seq = "AATTGGCCATGCATGC"パターン= "ATGC、CATG"の場合は –

です。str_locate_all（seq、pattern）結果は位置8,11,12,12,15,13,16になります。これを実行して出力を得ることができました。今私は答えが2、2すなわち2 ATGCと2 CATGになるように繰り返しを数えたい – shrinirajesh

だけstr_locate_all

s <- "AATTGGCCATGCATGC" 
patterN <- c("ATGC", "CATG") 

library(stringr) 
setNames(sapply(str_locate_all(s, patterN), nrow), patterN) 

ATGC CATG 
    2 2

の出力からrowsの数をカウントするsapplyを使用するか、あなたは、あなたがしたいものの一例を提供する場合は、str_count

setNames(str_count(s, patterN), patterN)

出典

2016-07-09 17:34:27 Sumedh

シーケンス内のパターンを見つけるためのRプログラム

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