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WordPressで使用するプラグインの中には、wp_enqueue_script機能を利用していても同じCSS/jsを含むものがあります。機能wp_enqueue_scriptは複製を許可します
多くのプラグインが共通ライブラリのハンドルにプレフィックス名(例: "wpsm-bootstrap")を付けているのに気付きました。
例:
wp_enqueue_script('wpsm_bootstrap', wpsm_dir.'assets/js/bootstrap.js', array(), '', true);
すべてのプラグインではなく、ハンドル(「wpsm_bootstrap」)にプラグイン名を接頭辞のハンドル「ブートストラップ」を使用する必要がありますか?
wp_enqueue_scriptを使用しているときに、重複の原因が考えられないようです。