シーケンスを印刷しようとしていますが、KeyErrorを取得しようとしていますか？

私は最初の入力ファイルの正しい出力しか得ていませんが、最初のファイルにA、B、C、Dチェーンがあり、この場合は2番目の入力ファイルには正しい出力が得られません。場合、私たちのコードは、CとDの最初のファイルデータの同じデータをコピーしていますか？シーケンスを印刷しようとしていますが、KeyErrorを取得しようとしていますか？

私はAからZのチェーンIDを検索したいと思います。チェーンID = [[ chainIDs = ['A'、 'B'、 'C'、 'D'、 'E'、 'F'、 'G'、 'H'に 'A'、 'B'、 'C' ']。

入力ファイルにチェーンIDが存在しない場合、コードは無視してほかのものを続行します。

表示エラー：

f.write(d[chainID][atomIDs[i+j]]+ '\n') 
KeyError: 'E'

スクリプト：

import os 


d = {} 
atomIDs = ['C4B', 'O4B', 'C1B', 'C2B', 'C3B', 'C4B', 'O4B', 'C1B'] 
chainIDs = ['A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F'] 
with open('filename.txt') as pdbline: 
    for line in pdbline: 
     filenames=line[:8]   
     with open(filenames) as pdbfile: 
      for line in map(str.rstrip, pdbfile):     
       if line[:6] != "HETATM": 
        continue 
       chainID = line[21:22] 
       atomID = line[13:16].strip() 
       if chainID not in chainIDs: 
        continue 
       if atomID not in atomIDs: 
        continue 
       try: 
        d[chainID][atomID] = line 
       except KeyError: 
        d[chainID] = {atomID: line} 
     n = 4 
     for chainID in chainIDs: 
      for i in range(len(atomIDs)-n+1): 
       for j in range(n): 
        f = open(filenames+'out.pdb', 'a') 
        f.write(d[chainID][atomIDs[i+j]]+ '\n') 
        f.close()

最初の入力ファイル：

HETATM15207 C4B NAD A 501  47.266 101.038 7.214 1.00 11.48   C 
HETATM15208 O4B NAD A 501  46.466 100.713 8.371 1.00 11.48   O 
HETATM15209 C3B NAD A 501  47.659 99.689 6.567 1.00 11.48   C 
HETATM15211 C2B NAD A 501  46.447 98.835 6.988 1.00 11.48   C 
HETATM15213 C1B NAD A 501  46.221 99.300 8.426 1.00 11.48   C 
HETATM15252 C4B NAD B 501  36.455 115.053 36.671 1.00 11.25   C 
HETATM15253 O4B NAD B 501  35.930 114.469 35.492 1.00 11.25   O 
HETATM15254 C3B NAD B 501  35.307 115.837 37.367 1.00 11.25   C 
HETATM15256 C2B NAD B 501  34.172 114.876 37.039 1.00 11.25   C 
HETATM15258 C1B NAD B 501  34.524 114.613 35.551 1.00 11.25   C 
HETATM15297 C4B NAD C 501  98.229 130.106 18.332 1.00 12.28   C 
HETATM15298 O4B NAD C 501  98.083 131.545 18.199 1.00 12.28   O 
HETATM15299 C3B NAD C 501  99.346 129.675 17.343 1.00 12.28   C 
HETATM15301 C2B NAD C 501  100.220 130.922 17.375 1.00 12.28   C 
HETATM15303 C1B NAD C 501  99.125 132.008 17.317 1.00 12.28   C 
HETATM15342 C4B NAD D 501  77.335 156.939 25.788 1.00 11.99   C 
HETATM15343 O4B NAD D 501  78.705 156.544 25.901 1.00 11.99   O 
HETATM15344 C3B NAD D 501  77.106 158.059 26.824 1.00 11.99   C 
HETATM15346 C2B NAD D 501  78.536 158.632 26.878 1.00 11.99   C 
HETATM15348 C1B NAD D 501  79.351 157.345 26.900 1.00 11.99   C

第二の入力ファイル：

HETATM 2471 C4B NAD A 352  91.432 24.158 51.658 1.00 51.58   C 
HETATM 2472 O4B NAD A 352  92.697 23.519 52.005 1.00 47.28   O 
HETATM 2473 C3B NAD A 352  90.818 23.341 50.501 1.00 49.46   C 
HETATM 2475 C2B NAD A 352  91.477 22.027 50.635 1.00 48.07   C 
HETATM 2477 C1B NAD A 352  92.868 22.416 51.075 1.00 49.66   C

第二に、ファイルのため

の取得結果：

HETATM 2471 C4B NAD A 352  91.432 24.158 51.658 1.00 51.58   C 
HETATM 2472 O4B NAD A 352  92.697 23.519 52.005 1.00 47.28   O 
HETATM 2477 C1B NAD A 352  92.868 22.416 51.075 1.00 49.66   C 
HETATM 2475 C2B NAD A 352  91.477 22.027 50.635 1.00 48.07   C 
HETATM 2472 O4B NAD A 352  92.697 23.519 52.005 1.00 47.28   O 
HETATM 2477 C1B NAD A 352  92.868 22.416 51.075 1.00 49.66   C 
HETATM 2475 C2B NAD A 352  91.477 22.027 50.635 1.00 48.07   C 
HETATM 2473 C3B NAD A 352  90.818 23.341 50.501 1.00 49.46   C 
HETATM 2477 C1B NAD A 352  92.868 22.416 51.075 1.00 49.66   C 
HETATM 2475 C2B NAD A 352  91.477 22.027 50.635 1.00 48.07   C 
HETATM 2473 C3B NAD A 352  90.818 23.341 50.501 1.00 49.46   C 
HETATM 2471 C4B NAD A 352  91.432 24.158 51.658 1.00 51.58   C 
HETATM 2475 C2B NAD A 352  91.477 22.027 50.635 1.00 48.07   C 
HETATM 2473 C3B NAD A 352  90.818 23.341 50.501 1.00 49.46   C 
HETATM 2471 C4B NAD A 352  91.432 24.158 51.658 1.00 51.58   C 
HETATM 2472 O4B NAD A 352  92.697 23.519 52.005 1.00 47.28   O 
HETATM 2473 C3B NAD A 352  90.818 23.341 50.501 1.00 49.46   C 
HETATM 2471 C4B NAD A 352  91.432 24.158 51.658 1.00 51.58   C 
HETATM 2472 O4B NAD A 352  92.697 23.519 52.005 1.00 47.28   O 
HETATM 2477 C1B NAD A 352  92.868 22.416 51.075 1.00 49.66   C 
HETATM15252 C4B NAD B 501  36.455 115.053 36.671 1.00 11.25   C 
HETATM15253 O4B NAD B 501  35.930 114.469 35.492 1.00 11.25   O 
HETATM15258 C1B NAD B 501  34.524 114.613 35.551 1.00 11.25   C 
HETATM15256 C2B NAD B 501  34.172 114.876 37.039 1.00 11.25   C 
HETATM15253 O4B NAD B 501  35.930 114.469 35.492 1.00 11.25   O 
HETATM15258 C1B NAD B 501  34.524 114.613 35.551 1.00 11.25   C 
HETATM15256 C2B NAD B 501  34.172 114.876 37.039 1.00 11.25   C 
HETATM15254 C3B NAD B 501  35.307 115.837 37.367 1.00 11.25   C 
HETATM15258 C1B NAD B 501  34.524 114.613 35.551 1.00 11.25   C 
HETATM15256 C2B NAD B 501  34.172 114.876 37.039 1.00 11.25   C 
HETATM15254 C3B NAD B 501  35.307 115.837 37.367 1.00 11.25   C 
HETATM15252 C4B NAD B 501  36.455 115.053 36.671 1.00 11.25   C 
HETATM15256 C2B NAD B 501  34.172 114.876 37.039 1.00 11.25   C 
HETATM15254 C3B NAD B 501  35.307 115.837 37.367 1.00 11.25   C 
HETATM15252 C4B NAD B 501  36.455 115.053 36.671 1.00 11.25   C 
HETATM15253 O4B NAD B 501  35.930 114.469 35.492 1.00 11.25   O 
HETATM15254 C3B NAD B 501  35.307 115.837 37.367 1.00 11.25   C 
HETATM15252 C4B NAD B 501  36.455 115.053 36.671 1.00 11.25   C 
HETATM15253 O4B NAD B 501  35.930 114.469 35.492 1.00 11.25   O 
HETATM15258 C1B NAD B 501  34.524 114.613 35.551 1.00 11.25   C 
HETATM15297 C4B NAD C 501  98.229 130.106 18.332 1.00 12.28   C 
HETATM15298 O4B NAD C 501  98.083 131.545 18.199 1.00 12.28   O 
HETATM15303 C1B NAD C 501  99.125 132.008 17.317 1.00 12.28   C 
HETATM15301 C2B NAD C 501  100.220 130.922 17.375 1.00 12.28   C 
HETATM15298 O4B NAD C 501  98.083 131.545 18.199 1.00 12.28   O 
HETATM15303 C1B NAD C 501  99.125 132.008 17.317 1.00 12.28   C 
HETATM15301 C2B NAD C 501  100.220 130.922 17.375 1.00 12.28   C 
HETATM15299 C3B NAD C 501  99.346 129.675 17.343 1.00 12.28   C 
HETATM15303 C1B NAD C 501  99.125 132.008 17.317 1.00 12.28   C 
HETATM15301 C2B NAD C 501  100.220 130.922 17.375 1.00 12.28   C 
HETATM15299 C3B NAD C 501  99.346 129.675 17.343 1.00 12.28   C 
HETATM15297 C4B NAD C 501  98.229 130.106 18.332 1.00 12.28   C 
HETATM15301 C2B NAD C 501  100.220 130.922 17.375 1.00 12.28   C 
HETATM15299 C3B NAD C 501  99.346 129.675 17.343 1.00 12.28   C 
HETATM15297 C4B NAD C 501  98.229 130.106 18.332 1.00 12.28   C 
HETATM15298 O4B NAD C 501  98.083 131.545 18.199 1.00 12.28   O 
HETATM15299 C3B NAD C 501  99.346 129.675 17.343 1.00 12.28   C 
HETATM15297 C4B NAD C 501  98.229 130.106 18.332 1.00 12.28   C 
HETATM15298 O4B NAD C 501  98.083 131.545 18.199 1.00 12.28   O 
HETATM15303 C1B NAD C 501  99.125 132.008 17.317 1.00 12.28   C 
HETATM15342 C4B NAD D 501  77.335 156.939 25.788 1.00 11.99   C 
HETATM15343 O4B NAD D 501  78.705 156.544 25.901 1.00 11.99   O 
HETATM15348 C1B NAD D 501  79.351 157.345 26.900 1.00 11.99   C 
HETATM15346 C2B NAD D 501  78.536 158.632 26.878 1.00 11.99   C 
HETATM15343 O4B NAD D 501  78.705 156.544 25.901 1.00 11.99   O 
HETATM15348 C1B NAD D 501  79.351 157.345 26.900 1.00 11.99   C 
HETATM15346 C2B NAD D 501  78.536 158.632 26.878 1.00 11.99   C 
HETATM15344 C3B NAD D 501  77.106 158.059 26.824 1.00 11.99   C 
HETATM15348 C1B NAD D 501  79.351 157.345 26.900 1.00 11.99   C 
HETATM15346 C2B NAD D 501  78.536 158.632 26.878 1.00 11.99   C 
HETATM15344 C3B NAD D 501  77.106 158.059 26.824 1.00 11.99   C 
HETATM15342 C4B NAD D 501  77.335 156.939 25.788 1.00 11.99   C 
HETATM15346 C2B NAD D 501  78.536 158.632 26.878 1.00 11.99   C 
HETATM15344 C3B NAD D 501  77.106 158.059 26.824 1.00 11.99   C 
HETATM15342 C4B NAD D 501  77.335 156.939 25.788 1.00 11.99   C 
HETATM15343 O4B NAD D 501  78.705 156.544 25.901 1.00 11.99   O 
HETATM15344 C3B NAD D 501  77.106 158.059 26.824 1.00 11.99   C 
HETATM15342 C4B NAD D 501  77.335 156.939 25.788 1.00 11.99   C 
HETATM15343 O4B NAD D 501  78.705 156.544 25.901 1.00 11.99   O 
HETATM15348 C1B NAD D 501  79.351 157.345 26.900 1.00 11.99   C

予想される出力：

HETATM 2471 C4B NAD A 352  91.432 24.158 51.658 1.00 51.58   C 
HETATM 2472 O4B NAD A 352  92.697 23.519 52.005 1.00 47.28   O 
HETATM 2477 C1B NAD A 352  92.868 22.416 51.075 1.00 49.66   C 
HETATM 2475 C2B NAD A 352  91.477 22.027 50.635 1.00 48.07   C 
HETATM 2472 O4B NAD A 352  92.697 23.519 52.005 1.00 47.28   O 
HETATM 2477 C1B NAD A 352  92.868 22.416 51.075 1.00 49.66   C 
HETATM 2475 C2B NAD A 352  91.477 22.027 50.635 1.00 48.07   C 
HETATM 2473 C3B NAD A 352  90.818 23.341 50.501 1.00 49.46   C 
HETATM 2477 C1B NAD A 352  92.868 22.416 51.075 1.00 49.66   C 
HETATM 2475 C2B NAD A 352  91.477 22.027 50.635 1.00 48.07   C 
HETATM 2473 C3B NAD A 352  90.818 23.341 50.501 1.00 49.46   C 
HETATM 2471 C4B NAD A 352  91.432 24.158 51.658 1.00 51.58   C 
HETATM 2475 C2B NAD A 352  91.477 22.027 50.635 1.00 48.07   C 
HETATM 2473 C3B NAD A 352  90.818 23.341 50.501 1.00 49.46   C 
HETATM 2471 C4B NAD A 352  91.432 24.158 51.658 1.00 51.58   C 
HETATM 2472 O4B NAD A 352  92.697 23.519 52.005 1.00 47.28   O 
HETATM 2473 C3B NAD A 352  90.818 23.341 50.501 1.00 49.46   C 
HETATM 2471 C4B NAD A 352  91.432 24.158 51.658 1.00 51.58   C 
HETATM 2472 O4B NAD A 352  92.697 23.519 52.005 1.00 47.28   O 
HETATM 2477 C1B NAD A 352  92.868 22.416 51.075 1.00 49.66   C

出典

2016-10-17 Vish

最初にオフライン、 'line [21:22]'のような索引付けは、これは醜いです。 'line.split（）'または[csv module]（https://docs.python.org/2/library/csv.html）を使用してください。 –

だけの変更：私は（のみ存在する連鎖のID）シーケンスを以下に現在の入力ファイルのすべてのチェーンのIDを印刷したいです出力ループは次のようになります。

for chainID in chainIDs: 
    if chainID in d: 
     for atom_id in d[chainID]: 
      with open(filenames+'out.pdb', 'a') as f: 
       f.write(d[chainID][atom_id] + '\n')

出典

2016-10-17 16:28:27 2ps

あなたのコードを置き換えて実行しましたが、期待した結果が得られません。上記の予想結果をご覧ください – Vish

シーケンスを印刷しようとしていますが、KeyErrorを取得しようとしていますか？

答えて

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