ベンダイアンとR？

Question

リムマパッケージの他に、Rのベンダイアグラムを実行するための他のパッケージもあります。

誰でも知りましたか？

ここにlimmaパッケージのあるnotes on doing Venn diagramsがあります。

Answer 1

Duncan Murdoch has a venn package（CRANにはありません）。 （hat tip to Gabor Grothendieck）

また、in the "Journal of Statistical Software"について読むこともできます。

Answer 2

gplotsパッケージのvenn関数は、4/5セットのVenn Diagramを作成する必要がある場合にも便利です。

Answer 3

私はトリックに2つのカスタム関数を使用します。私のvenndiaの実装では、vennの図をプロットし、AとB（とC）の重なりのリストを返します。以下のコードを参照してください。これらにより

、することができます両方のプロットとは、データを返します

vd <- venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20], getdata=TRUE) 

。

venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20]) 

getdataはデフォルトではFALSEなので、データの返信をオフにすることができます。 /ダニエル・

circle <- function(x, y, r, ...) { 
    ang <- seq(0, 2*pi, length = 100) 
    xx <- x + r * cos(ang) 
    yy <- y + r * sin(ang) 
    polygon(xx, yy, ...) 
} 

venndia <- function(A, B, C, getdata=FALSE, ...){ 
    cMissing <- missing(C) 
    if(cMissing){ C <- c() } 

    unionAB <- union(A, B) 
    unionAC <- union(A, C) 
    unionBC <- union(B, C) 
    uniqueA <- setdiff(A, unionBC) 
    uniqueB <- setdiff(B, unionAC) 
    uniqueC <- setdiff(C, unionAB) 
    intersAB <- setdiff(intersect(A, B), C) 
    intersAC <- setdiff(intersect(A, C), B) 
    intersBC <- setdiff(intersect(B, C), A) 
    intersABC <- intersect(intersect(A, B), intersect(B, C)) 

    nA <- length(uniqueA) 
    nB <- length(uniqueB) 
    nC <- length(uniqueC) 

    nAB <- length(intersAB) 
    nAC <- length(intersAC) 
    nBC <- length(intersBC) 

    nABC <- length(intersABC) 

    par(mar=c(2, 2, 0, 0)) 
    plot(-10, -10, ylim=c(0, 9), xlim=c(0, 9), axes=FALSE, ...) 
    circle(x=3, y=6, r=3, col=rgb(1,0,0,.5), border=NA) 
    circle(x=6, y=6, r=3, col=rgb(0,.5,.1,.5), border=NA) 
    circle(x=4.5, y=3, r=3, col=rgb(0,0,1,.5), border=NA) 

    text(x=c(1.2, 7.7, 4.5), y=c(7.8, 7.8, 0.8), c("A", "B", "C"), cex=3, col="gray90") 

    text(
     x=c(2, 7, 4.5, 4.5, 3, 6, 4.5), 
     y=c(7, 7, 2 , 7 , 4, 4, 5), 
     c(nA, nB, nC, nAB, nAC, nBC, nABC), 
     cex=2 
    ) 

    if(getdata){ 
     list(A=uniqueA, B=uniqueB, C=uniqueC, 
      AB=intersAB , AC=intersAC , BC=intersBC , 
      ABC=intersABC 
     ) 
    } 
} 

Answer 4

Vennerable package on R-forgeがあります。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable")) 
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") 

Answer 5

これは非常に遅れていますが、それは他の人が答えを探しに役立つ可能性があります：CRAN hereに、 VennDiagram。

これは、複数セット（vennでは4セット、オイラー図では3セット）、カスタマイズ可能な色とフォント、単純な構文、そしてサークルのすべてのサイズの中から、データセットのサイズに比例します2つのデータセットを比較する場合）。インストールするには：

install.packages("VennDiagram") 
library(VennDiagram) 

をbioconductorパッケージを使用して、ゲノム座標で働く人々のために、最近、ベン図は、パッケージChIPpeakAnno（バージョン2.5.12）でimplementedたとインスタンスのためのゲノム座標のかなり交差点、チップ-seqのを可能にピーク。早期採用者の場合は、development packageをインストールする必要があります。ここ

peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704), 
    end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")), 
    space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1),feature=c("a","b","f")) 

peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,2496700,3075866,3123260), 
    end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470), 
    names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")), 
    space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","b","c","d","a")) 

makeVennDiagram(RangedDataList(peaks1,peaks2, peaks1, peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2","TF3", "TF4"), 
    totalTest=100,useFeature=TRUE, main="Venn Diagram", 
    col = "transparent",fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"), 
    alpha = 0.50,label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", "white", "darkgreen", "white"), cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4")) 

Answer 6

3変数データのための別のバージョンへの参照である： http://elliotnoma.wordpress.com/2011/02/09/venn-diagram/

コードパッケージcolorfulVennPlotにも利用可能である：ベンダイアグラムパッケージの http://cran.r-project.org/web/packages/colorfulVennPlot/index.html

Answer 7

リスト：

• bvenn

• colorfulVennPlot

• eVenn
• VennDiagram
• Venneuler
• Vennerable：R-Forge、私はパッケージのベン図をお勧めしますGitHub
• eulerr

Answer 8

： http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

pake 19では、非常に良い例（高度なものと単純化されたものの両方）が10個見つかります。私はそれが必要なことをすることができないものはまだ見つけていない。