scipy.io.savematを使用してネストされたリストを保存する

Question

これは私の最後の質問に関連しています。これはhereです。私はmarkerListとしてそのリンクで記述するリストに似たリストを取り扱っています - それで3つのレベルのリスト。私はこの情報を.matファイルとして保存する必要がありますが、正しいタイプで保存することはできません。 scipy.io.savematを使用している場合は、それぞれが40x2セルを含む200個のセルのセットである必要がある場合、リストを200x40x2個のシングルとして保存します。

私はこれを保存するために使用しているコードは次のとおりです。

matdict = dict(markers = (markerList), sorted = (finalStack)) 
scipy.io.savemat('C:\pathname\\sortedMarkers.mat', matdict) 

何私に混乱しては、それが正しい形式（1x200細胞、それぞれ様々な大きさのセル）にmarkerListを保存しますが、ではないということですfinalStack（200 x 40 x 2シングルとして保存）。さらに、このコードの残りの部分を理解する前に、finalStackを正しく保存することができました。保存しているデータのサイズが一様でない場合は、おそらくセルとして保存されると考えられます。 （finalStackのサイズは一定ですが、markerListはありません）

このような複雑なデータ構造を.matファイルとして保存する方法はありますか？

Answer 1

、 'オブジェクト' のnumpyの配列に変換します。オクターブで

from scipy.io import savemat 
import numpy 

a = numpy.array([[1,2,3],[1,2,3]]) 
b = numpy.array([[2,3,4],[2,3,4]]) 
c = numpy.array([[3,4,5],[3,4,5]]) 
L = [a,b,c] 

FrameStack = numpy.empty((len(L),), dtype=numpy.object) 
for i in range(len(L)): 
    FrameStack[i] = L[i] 

savemat("myfile.mat", {"FrameStack":FrameStack}) 

：私はちょうどこれを確認するために、依頼する必要があり

>> load myfile.mat 

>> whos FrameStack 
Variables in the current scope: 

    Attr Name   Size      Bytes Class 
    ==== ====   ====      ===== ===== 
     FrameStack  1x3      144 cell 

Total is 3 elements using 144 bytes 

>> whos FrameStack{1} 
Variables in the current scope: 

    Attr Name    Size      Bytes Class 
    ==== ====    ====      ===== ===== 
     FrameStack{1}  2x3       48 int64 

Total is 6 elements using 48 bytes 

Answer 2

あなたの以前の質問をもう一度見ることなく、私は問題が今であると考えていますnumpy.arrayは、サブリストまたは配列のリストから配列を作成します。

markerListが期待どおりに保存され、セルのサイズが異なることに注意してください。

は

np.array(markerList) 

を試してみて、その形状とDTYPEを見てください。私はそれが1d（200、）とオブジェクトdtypeになると推測しています。

np.array(finalStack) 

これはおそらく保存する3次元配列になります。

savematは、Python辞書とリストではなく、numpy配列を保存するように設定されています。すべてが2d行列であったMATLABと話しています。 MATLABセルはこれを一般化します。それらはdtypeオブジェクトの2次元配列のようなものです。

サイズが均一な要素からオブジェクト配列を作成する問題が頻繁に発生します。通常の解決策は、所望のサイズ（例えば、（200、））のアレイとオブジェクトタイプを作成し、その中にサブアレイをロードすることである。

https://stackoverflow.com/a/38776674/901925

=============

私が説明します。

In [59]: from scipy import io 

In [60]: A=np.ones((40,2))  
In [61]: B=np.ones((40,2)) 
In [62]: C=np.ones((30,2)) 

保存二つのリスト、ちょうど2つのアレイ、3つのすべてと他との1：3つの配列、ワンサイズの2、および異なる第三くださいそれが戻っ

In [63]: io.savemat('test.mat', {'AB':[A,B],'ABC':[A,B,C]}) 

ロード。私の代わりにoctaveでこれを行うことができます：

In [65]: D=io.loadmat('test.mat') 

In [66]: D.keys() 
Out[66]: dict_keys(['ABC', '__header__', 'AB', '__globals__', '__version__']) 

ABCは3つの要素

In [68]: D['ABC'].shape 
Out[68]: (1, 3) 
In [71]: D['ABC'][0,0].shape 
Out[71]: (40, 2) 

と2D配列であるが、3D配列にAB変換されています：代わりに私場合

In [69]: D['AB'].shape 
Out[69]: (2, 40, 2) 
In [70]: np.array([A,B]).shape 
Out[70]: (2, 40, 2) 

1次元オブジェクト配列をAとBを保持するようにすると、それは保存されます。

辞書の項目がnumpyのものと背中にMATLAB構造を翻訳の難しさを考えると、それはフラットでシンプルなものに保つのではなく、化合物を作成する方が良いでしょう

io.savemat('test.mat',{'A':A, 'B':B, 'C':C}) 

として

良い代替は配列を保存することです両面で役に立つオブジェクト。私はOctaveをインストール

===============

。ロードこのtest.mat：

io.savemat('test.mat', {'AB':AB,'ABs':[A,B]}) 

は、オブジェクトDTYPE配列は、MATLABセルとして保存され

>> whos 
Variables in the current scope: 

    Attr Name  Size      Bytes Class 
    ==== ====  ====      ===== ===== 
     AB   1x2      1280 cell 
     ABs   2x40x2     1280 double 

を与えます。 MATLAB行列として他の配列。 （私は以前の答えをmatlab構造体に相当するものを思い出すために再検討しなければならないだろう）。 savemat documentationを1として