作業ディレクトリのパスを取得するには？

Question

私はSnakefilesでパスを管理する方法を知っています。

current_dir 
current_dir/snakefiles 
current_dir/configfiles 

と私は私のワークフローこの方法を実行します：私は、この構成を持っていると言う

current_dir$ snakemake -s snakefiles/my_snakefile --configfile configfiles/my_config.yml 

私はグローバル変数workflow.snakefileを使用して、私のSnakefileへのパスを取得することができます知っているが、私は取得したいと思いまた：

• 私は私のsnakefileを実行しています私のconfigfileを
• パス、例えばパスcurrent_dir

これを行う方法は？ Snakemakeには、私が気づいていない他のグローバル変数がありますか？

ありがとうございました

Answer 1

作業ディレクトリはPythonで設定されています。あなたはos.getcwd()でそれを得ることができます。また、Snakemakeのワークフローを整理する標準的な方法があることにもご注意ください：http://snakemake.readthedocs.io/en/latest/project_info/faq.html#what-is-the-recommended-way-to-distribute-a-snakemake-workflow。

もちろん、他のものを使用することもできますが、このスキームに従えば、他の人があなたのワークフローを理解するのに役立ちます。これが当てはまらない場合もあります。